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- PDB-5my3: Crystal structure of the RhoGAP domain of Rgd1p at 2.19 Angstroms... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5my3
タイトルCrystal structure of the RhoGAP domain of Rgd1p at 2.19 Angstroms resolution
要素RHO GTPase-activating protein RGD1
キーワードCELL CYCLE / RhoGAP / RGD1 / polarized growth / cytokinesis
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / cellular bud / prospore membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin cortical patch / mating projection tip / response to acidic pH ...RHOF GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / cellular bud / prospore membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin cortical patch / mating projection tip / response to acidic pH / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / response to osmotic stress / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / GTPase activator activity / actin cytoskeleton organization / signal transduction / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain ...: / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RHO GTPase-activating protein RGD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Martinez, D.M. / d'Estaintot, B.L. / Granier, T. / Hugues, M. / Odaert, B. / Gallois, B. / Doignon, F.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Structural evidence of a phosphoinositide-binding site in the Rgd1-RhoGAP domain.
著者: Martinez, D. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Tolchard, J. / Courreges, C. / Prouzet-Mauleon, V. / Hugues, M. / Gallois, B. / Doignon, F. / Odaert, B.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年1月24日ID: 4U3K
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO GTPase-activating protein RGD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7241
ポリマ－25,7241
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.230, 63.230, 99.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 RHO GTPase-activating protein RGD1 / RhoGAP / Related GAP domain protein 1


分子量: 25723.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: RGD1, YBR260C, YBR1728 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38339
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.56 / 詳細: HEPES, PEG3350, NAN3, TRIS, DTT, PH 7.56 / PH範囲: 7.2-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月4日
放射モノクロメーター: SILICON 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→54.76 Å / Num. obs: 11616 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.52 % / Biso Wilson estimate: 49.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 25.57
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 13.28 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 1831 / CC1/2: 0.65 / Rrim(I) all: 1.06 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 97.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U3K

4u3k
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.19→54.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.175
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2022 548 4.7 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.1639 11067 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.58 Å2 / Biso mean: 58.73 Å2 / Biso min: 36.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→54.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1601 0 0 52 1653
Biso mean---58.9 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01916601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0215391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.96522641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.697335821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.47952111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2225.205731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.392152811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2581561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02118351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023071
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.246 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 23 3 %
Rwork0.248 777 -
obs--95.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.373 Å / Origin y: 7.271 Å / Origin z: 16.578 Å
111213212223313233
T0.0625 Å20.0008 Å2-0.0314 Å2-0.0429 Å20.0018 Å2--0.0259 Å2
L1.521 °20.33 °2-0.3203 °2-4.8005 °20.187 °2--1.5586 °2
S0.0477 Å °0.1171 Å °-0.0897 Å °-0.1413 Å °-0.1942 Å °0.1283 Å °-0.0868 Å °0.1505 Å °0.1464 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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