PDB-5mx9: High resolution crystal structure of the MCR-2 catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mx9

タイトル

High resolution crystal structure of the MCR-2 catalytic domain

要素

Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-2

キーワード

TRANSFERASE / mcr-1 / colistin / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Coates, K. / Walsh, T.R. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: 1.12 angstrom resolution crystal structure of the catalytic domain of the plasmid-mediated colistin resistance determinant MCR-2.
著者: Coates, K. / Walsh, T.R. / Spencer, J. / Hinchliffe, P.

履歴

登録	2017年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mx9.cif.gz	203.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mx9.ent.gz	162.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mx9_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mx9_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	5mx9_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	5mx9_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lrnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6li6-2 6li4-1 7cgd-4 7ax4-1 6hpf-d 1cpd-d 7cgd-3 6li5-1 6li5-2 3zm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-2

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.818, 53.310, 117.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-2 分子量: 36081.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr-2 / プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: A0A1C3NEV1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir: 0.1 M KSCN, 30% PEG2000MME; Protein: 15 mg/ml, 50 mM HEPES pH7.5, 150 mM NaCl, 0.1mM ZnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→58.75 Å / Num. obs: 108679 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / CC_1/2: 0.879 / R_pim(I) all: 0.192 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LRN

5lrn

解像度: 1.12→48.548 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1453	5480	5.04 %
R_work	0.1334	-	-
obs	0.134	108679	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→48.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2537	0	20	419	2976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.382	3599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.457	955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.12-1.1327	0.1921	150	0.1954	3279	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1327-1.1461	0.1896	171	0.1775	3354	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1461-1.16	0.1815	186	0.1765	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
1.16-1.1747	0.1962	185	0.1658	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1747-1.1902	0.1831	198	0.1621	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1902-1.2065	0.1773	187	0.1603	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2065-1.2237	0.173	186	0.1499	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2237-1.242	0.1706	199	0.1582	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.242-1.2614	0.1686	176	0.1581	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2614-1.2821	0.172	193	0.1499	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2821-1.3042	0.1571	192	0.1478	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3042-1.3279	0.1563	178	0.1491	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3279-1.3534	0.1613	190	0.1458	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3534-1.3811	0.1599	153	0.1442	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3811-1.4111	0.1426	209	0.1392	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4111-1.4439	0.1584	172	0.1387	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4439-1.48	0.1664	179	0.137	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5201	0.1503	160	0.1313	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5201-1.5648	0.141	176	0.1285	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5648-1.6153	0.1428	184	0.1268	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6153-1.673	0.1264	193	0.1263	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.74	0.1345	175	0.1265	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8192	0.1353	186	0.1302	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8192-1.9151	0.1231	173	0.1222	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9151-2.0351	0.1345	174	0.1207	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0351-2.1923	0.1323	194	0.1173	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1923-2.4129	0.1316	174	0.121	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4129-2.762	0.1446	211	0.1257	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.762-3.4797	0.1414	184	0.1277	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4797-48.5934	0.1387	192	0.134	3728	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5559	-0.3007	0.4279	0.7623	0.3965	1.1269	0.0022	-0.0921	-0.0727	0.1956	0.0446	-0.0256	0.1097	0.0049	-0.0263	0.089	-0.0095	-0.0052	0.1	0.0303	0.0883	-7.0637	-6.9826	-2.4462
2	0.4927	0.2257	-0.0576	0.9523	-0.4747	0.5775	0.0053	0.0006	-0.0178	-0.0044	-0.0255	-0.0577	0.013	0.0426	0.0259	0.0647	0.0034	0.0044	0.0831	0.0003	0.0818	-7.3314	-2.5361	-20.4042
3	0.4783	-0.3674	0.1819	0.8263	-0.2109	0.4633	-0.0063	-0.062	-0.0305	0.0481	0.0111	0.0699	0.0027	-0.047	-0.0146	0.0814	-0.0059	0.009	0.0936	0.0115	0.0832	-22.4266	-2.7394	-11.7708
4	2.1034	-0.9717	2.88	1.2197	-1.6293	6.3831	-0.0591	-0.1861	-0.0273	0.0638	0.0705	0.046	-0.1282	-0.1939	-0.0185	0.0693	0.0061	0.0148	0.0847	0.0082	0.0879	-24.3212	8.85	-13.7588
5	0.7581	-0.3025	0.8677	0.7759	-0.9214	2.5721	0.0123	0.0192	0.0084	-0.018	0.0361	0.0337	-0.0331	-0.0532	-0.065	0.0553	0.0044	0.01	0.0643	0.0014	0.0884	-18.6827	7.5788	-25.6447
6	0.5243	-0.0544	0.8088	0.5486	-0.159	6.2045	-0.0066	0.0118	0.0325	0.0324	0.0036	-0.0199	-0.1399	-0.0011	-0.0051	0.072	-0.0024	0.0027	0.0702	0.0087	0.0932	-13.2316	12.0754	-21.7469
7	0.475	0.0475	0.3433	0.6654	0.0723	1.6449	0.0118	0.0274	-0.0078	-0.0517	-0.0138	-0.0429	-0.0248	-0.0167	0.0061	0.0643	0.0003	0.0027	0.0749	0.0135	0.0895	-9.4162	-0.0202	-25.2929
8	0.9967	0.1471	0.281	1.268	0.6288	0.6115	-0.0279	-0.0333	0.0424	0.0934	-0.0001	-0.0865	0.0157	0.1297	0.0039	0.0818	-0.0107	-0.0022	0.0935	0.0248	0.1044	-0.1144	3.285	-17.3292
9	0.6763	0.8189	0.016	1.2243	-0.0034	3.083	0.0398	-0.0366	-0.1194	0.0847	-0.0374	-0.1684	0.1035	0.2007	-0.0018	0.0679	0.0164	-0.0127	0.104	0.0232	0.1046	-0.1228	-6.5978	-9.7612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 245 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 246 through 318 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 319 through 356 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 357 through 379 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 380 through 423 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 424 through 452 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 453 through 486 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 487 through 513 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 514 through 540 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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