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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mwi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of G(CUG)8G duplex | |||||||||
![]() | RNA G(CUG)8C duplex | |||||||||
![]() | RNA / CUG repeats / duplex | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stabilization of RNA hairpins using non-nucleotide linkers and circularization. 著者: Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Kierzek, R. / Rypniewski, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 402.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e48S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8257.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: magnesium acetate, cacodylate and lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 11846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.937 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.51→37.02 Å
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拘束条件 |
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