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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mwi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of G(CUG)8G duplex | |||||||||
要素 | RNA G(CUG)8C duplex | |||||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / CUG repeats / duplex | |||||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Stabilization of RNA hairpins using non-nucleotide linkers and circularization. 著者: Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Kierzek, R. / Rypniewski, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mwi.cif.gz | 46 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mwi.ent.gz | 32.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/5mwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/5mwi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4e48S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8257.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: magnesium acetate, cacodylate and lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 11846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+48 / 解像度: 1.51→37.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.937 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.51→37.02 Å
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拘束条件 |
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