ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
PHENIX | (1.10.1_2155: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.531→37.826 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.75
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.1877 | 491 | 4.81 % | Random selection |
---|
Rwork | 0.1805 | - | - | - |
---|
obs | 0.1809 | 10206 | 99.87 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.531→37.826 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 0 | 486 | 0 | 67 | 553 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.014 | 544 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.379 | 836 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.068 | 232 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.073 | 94 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.013 | 24 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
1.5306-1.6847 | 0.2711 | 132 | 0.2379 | 2378 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.6847-1.9284 | 0.3021 | 96 | 0.2034 | 2395 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9284-2.4295 | 0.2708 | 130 | 0.2357 | 2424 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4295-37.8378 | 0.1527 | 133 | 0.1589 | 2518 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 2.9483 | -2.6052 | -0.6094 | 3.6329 | -0.1149 | 0.4199 | -0.1546 | 0.1014 | 0.0573 | 0.034 | 0.1153 | -0.1101 | -0.0975 | 0.0107 | 0.0378 | 0.2674 | -0.0347 | -0.0324 | 0.2164 | 0.006 | 0.2652 | -10.4707 | 20.2185 | 2.5065 | 2 | 2.6914 | -1.3139 | -0.5292 | 7.652 | 0.1763 | 0.2576 | 0.0145 | -0.1189 | 0.1562 | 0.4486 | 0.0828 | -0.2178 | 0.0693 | 0.0005 | -0.0705 | 0.242 | -0.0373 | -0.0181 | 0.2053 | -0.0079 | 0.1689 | -8.4343 | 16.4308 | 6.6048 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 12 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'B' and (resid 1 through 12 ) | |
|
---|