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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mtk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Caspase-1 with (3S,6S,10aS)-N-((2S,3S)-2-hydroxy-5-oxotetrahydrofuran-3-yl)-6-(isoquinoline-1-carboxamido)-5-oxodecahydropyrrolo[1,2-a]azocine-3-carboxamide (PGE-3935199) | ||||||
要素 | (Caspase-1) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / caspase-1 / nanomolar inhibitor / inflammatory diseases / sp3 hybridization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / DNA damage response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. ...Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. / Thoreau, E. / Roche, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Playing against the odds: scaffold hopping from 3D-fragments 著者: Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. / Thoreau, E. / Roche, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mtk.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mtk.ent.gz | 94.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mtk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mtk_validation.pdf.gz | 757.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mtk_full_validation.pdf.gz | 758.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mtk_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mtk_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/5mtk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20001.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10389.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, EC: 3.4.22.36 |
#3: 化合物 | ChemComp-N7N / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.4), 2 M (NH4)2SO4 and 25 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.53→50.39 Å / Num. obs: 11888 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1061 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.53→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.818 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.759 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.32 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.318
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原子変位パラメータ | Biso mean: 62.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.53→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.53→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.3776 Å / Origin y: -17.4001 Å / Origin z: 5.6499 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { *|* } |