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- PDB-5mrv: Crystal structure of human carboxypeptidase O in complex with NvCI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mrv
タイトルCrystal structure of human carboxypeptidase O in complex with NvCI
要素
  • Carboxypeptidase O
  • Metallocarboxypeptidase inhibitor
キーワードHYDROLASE / Digestive Metallocarboxypeptidase / food digestion / carboxypeptidase inhibitor / Brush Border enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / side of membrane / metallocarboxypeptidase activity / apical plasma membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase O / Laminin - #90 / : / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Laminin ...Carboxypeptidase O / Laminin - #90 / : / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Laminin / Aminopeptidase / Ribbon / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase O
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Nerita versicolor (サラサアマガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.854 Å
データ登録者Garcia-Pardo, J. / Garcia-Guerrero, M.C. / Fernandez-Alvarez, R. / Lyons, P. / Aviles, F.X. / Lorenzo, J. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and mechanism of human carboxypeptidase O: Insights into its specific activity for acidic residues.
著者: Garcia-Guerrero, M.C. / Garcia-Pardo, J. / Berenguer, E. / Fernandez-Alvarez, R. / Barfi, G.B. / Lyons, P.J. / Aviles, F.X. / Huber, R. / Lorenzo, J. / Reverter, D.
履歴
登録2016年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase O
B: Carboxypeptidase O
C: Metallocarboxypeptidase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,00910
ポリマ－87,7723
非ポリマー1,2377
水9,386521
1
A: Carboxypeptidase O
C: Metallocarboxypeptidase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5946
ポリマ－46,8652
非ポリマー7294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
2
B: Carboxypeptidase O
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4164
ポリマ－40,9081
非ポリマー5083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.114, 72.144, 90.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase O / CPO


分子量: 40907.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPO / プラスミド: pTriEx-7 vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IVL8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 Metallocarboxypeptidase inhibitor / MCPI / Carboxypeptidase inhibitor / NvCI


分子量: 5956.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Carboxypeptidase Inhibitor obtained from the marine snail Nerita versicolor
由来: (組換発現) Nerita versicolor (サラサアマガイ)
発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P86912
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPO / プラスミド: pTriEx-7 vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPO / プラスミド: pTriEx-7 vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293 F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % / 解説: Monoclinic crystals C 1 2 1
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Drops were prepared by mixing equal volumes of protein solution (CPO:NvCI molar ratio, 1:0.5) at 5 mg/ml (in 5 mM Tris-HCl pH 7.3, 100 mM NaCl, 1 mM B-mercaptoetanol) and reservoir solution ...詳細: Drops were prepared by mixing equal volumes of protein solution (CPO:NvCI molar ratio, 1:0.5) at 5 mg/ml (in 5 mM Tris-HCl pH 7.3, 100 mM NaCl, 1 mM B-mercaptoetanol) and reservoir solution containning HEPES pH 7.0, 200 mM ammonium choride and 20% PEG6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.854→64.984 Å / Num. obs: 79948 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.854→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PCU

2pcu


解像度: 1.854→59.947 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 3961 4.96 %
Rwork0.1846 --
obs0.1857 79833 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.854→59.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 0 521 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.967706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6923326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.854-1.87660.39751380.36572657X-RAY DIFFRACTION97
1.8766-1.90040.33411350.3192652X-RAY DIFFRACTION97
1.9004-1.92540.34511430.2922662X-RAY DIFFRACTION97
1.9254-1.95180.32761500.26742686X-RAY DIFFRACTION97
1.9518-1.97970.29741240.25372704X-RAY DIFFRACTION98
1.9797-2.00920.25951290.23722658X-RAY DIFFRACTION97
2.0092-2.04060.25571350.22312715X-RAY DIFFRACTION98
2.0406-2.07410.23051410.22932701X-RAY DIFFRACTION98
2.0741-2.10980.25961420.21972692X-RAY DIFFRACTION98
2.1098-2.14820.24381470.21142723X-RAY DIFFRACTION99
2.1482-2.18950.23531630.20662689X-RAY DIFFRACTION97
2.1895-2.23420.24711680.19242652X-RAY DIFFRACTION99
2.2342-2.28280.22181200.19962666X-RAY DIFFRACTION98
2.2828-2.33590.24581410.19262725X-RAY DIFFRACTION98
2.3359-2.39430.22051490.18652772X-RAY DIFFRACTION99
2.3943-2.4590.20761480.19262707X-RAY DIFFRACTION99
2.459-2.53140.2281480.18612711X-RAY DIFFRACTION98
2.5314-2.61310.26021440.18632714X-RAY DIFFRACTION99
2.6131-2.70650.20181520.19442715X-RAY DIFFRACTION98
2.7065-2.81490.21081370.19222747X-RAY DIFFRACTION99
2.8149-2.9430.18321300.17982740X-RAY DIFFRACTION99
2.943-3.09810.20291210.17812740X-RAY DIFFRACTION98
3.0981-3.29220.20681520.17542697X-RAY DIFFRACTION97
3.2922-3.54640.17691460.16772707X-RAY DIFFRACTION98
3.5464-3.90320.16131420.14672687X-RAY DIFFRACTION97
3.9032-4.46790.13841330.14422731X-RAY DIFFRACTION98
4.4679-5.62840.16991480.14762778X-RAY DIFFRACTION99
5.6284-59.97790.2021350.17622844X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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