+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mqq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Transcriptional repressor AmtR of corynebacterium glutamicum | ||||||
![]() | AmtR protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / transcription regulator / nitrogen regulation | ||||||
機能・相同性 | Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / AmtR protein / Repressor of the high-affinity (Methyl) ammonium uptake system![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevvana, M. / Hasselt, K. / Muller, Y.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Similarities in the structure of the transcriptional repressor AmtR in two different space groups suggest a model for the interaction with GlnK. 著者: Sevvana, M. / Hasselt, K. / Grau, F.C. / Burkovski, A. / Muller, Y.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 202.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 489 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22942.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First three residues were not modeled due to missing electron density. Last two residues were not modeled due to missing electron density. First residue is not A, but K. Side chain could not ...詳細: First three residues were not modeled due to missing electron density. Last two residues were not modeled due to missing electron density. First residue is not A, but K. Side chain could not be built due to missing electron density. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: amtR / プラスミド: pMALc2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: AmtR (12 mg/ml) in 20 mM Tris HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl Crystals obtained under the conditions: 0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 20 % PEG 3350 and 0.2 M (NH4)2SO4 with a protein to drop ratio of 1:1 microliters |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→33.24 Å / Num. obs: 73411 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.05 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 3.86 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.093→33.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|