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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mq8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rae1 (YacP) from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | Uncharacterized protein YacP | ||||||
キーワード | TRANSLATION / B. subtilis / RNA maturation and decay / endonuclease / peptide toxin | ||||||
機能・相同性 | NYN/PIN ribonuclease, YacP-like / YacP-like NYN domain / Uncharacterized protein YacP 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Piton, J. / Gilet, L. / Pellegrini, O. / Leroy, M. / Figaro, S. / Condon, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017 タイトル: Rae1/YacP, a new endoribonuclease involved in ribosome-dependent mRNA decay in Bacillus subtilis. 著者: Leroy, M. / Piton, J. / Gilet, L. / Pellegrini, O. / Proux, C. / Coppee, J.Y. / Figaro, S. / Condon, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mq8.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mq8.ent.gz | 64.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mq8_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mq8_full_validation.pdf.gz | 441 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mq8_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mq8_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20987.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yacP, BSU00970 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P37574 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 6 mg/mL in 0.07 M Tris-HCl pH 6.5, 5.2% PEG 8000, 35% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 21060 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 45.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03017 / Net I/σ(I): 17.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2897 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→23.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9177 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.203
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.314 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→23.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.36 Å / Total num. of bins used: 11
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