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- PDB-5mk0: Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mk0
タイトルCrystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex)
要素
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
  • Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
キーワードHYDROLASE / ESCRT-III Endofin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / 1-phosphatidylinositol binding / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / vesicle organization / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / protein targeting to lysosome ...positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / 1-phosphatidylinositol binding / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / vesicle organization / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / protein targeting to lysosome / Signaling by BMP / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling / endosomal transport / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of endocytosis / cilium assembly / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / centriolar satellite / early endosome membrane / early endosome / endosome / nuclear body / ciliary basal body / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3480 / Zinc finger FYVE domain containing protein, SARA/endofin / Smad anchor for receptor activation-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3480) / alix/aip1 like domains / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain ...Domain of unknown function DUF3480 / Zinc finger FYVE domain containing protein, SARA/endofin / Smad anchor for receptor activation-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3480) / alix/aip1 like domains / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger FYVE domain-containing protein 16 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.765 Å
データ登録者Levy, C. / Gahloth, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K011049/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G0701140 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K008773/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Specific Interaction of TGF beta Signaling Regulators SARA/Endofin with HD-PTP.
著者: Gahloth, D. / Levy, C. / Walker, L. / Wunderley, L. / Mould, A.P. / Taylor, S. / Woodman, P. / Tabernero, L.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
B: Zinc finger FYVE domain-containing protein 16
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
D: Zinc finger FYVE domain-containing protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5734
ポリマ－86,5734
非ポリマー00
水9,080504
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
B: Zinc finger FYVE domain-containing protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2872
ポリマ－43,2872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
2
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
D: Zinc finger FYVE domain-containing protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2872
ポリマ－43,2872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.751, 64.690, 70.621
Angle α, β, γ (deg.)101.39, 97.16, 102.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 / His domain-containing protein tyrosine phosphatase / HD-PTP / Protein tyrosine phosphatase TD14 / PTP-TD14


分子量: 40719.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN23, KIAA1471 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3S7, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Zinc finger FYVE domain-containing protein 16 / Endofin / Endosome-associated FYVE domain protein


分子量: 2566.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3T8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.765→41.19 Å / Num. obs: 69302 / % possible obs: 96.48 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.0544 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.765→1.828 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / CC1/2: 0.975 / % possible all: 93.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2563: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RAU

3rau


解像度: 1.765→41.19 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 20.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 1982 2.86 %
Rwork0.1601 --
obs0.1611 69278 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.765→41.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 0 504 6471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6348309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1323759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7654-1.80950.29641340.25624638X-RAY DIFFRACTION93
1.8095-1.85840.29291410.23154759X-RAY DIFFRACTION95
1.8584-1.91310.25131400.21354758X-RAY DIFFRACTION96
1.9131-1.97490.24061410.20294743X-RAY DIFFRACTION96
1.9749-2.04550.24161410.18454807X-RAY DIFFRACTION96
2.0455-2.12740.21961430.16884839X-RAY DIFFRACTION97
2.1274-2.22420.18361420.15224791X-RAY DIFFRACTION97
2.2242-2.34140.17541400.1454843X-RAY DIFFRACTION97
2.3414-2.48810.19121440.14754839X-RAY DIFFRACTION97
2.4881-2.68020.17211430.14854848X-RAY DIFFRACTION97
2.6802-2.94990.16381410.1584861X-RAY DIFFRACTION97
2.9499-3.37650.1841430.16084839X-RAY DIFFRACTION97
3.3765-4.25340.18091430.13834861X-RAY DIFFRACTION98
4.2534-41.190.18271460.15434870X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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