PDB-5mii: Crystal structure of carboxyl esterase 2 (TmelEST2) from mycorrhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mii

タイトル

Crystal structure of carboxyl esterase 2 (TmelEST2) from mycorrhizal fungus Tuber melanosporum

要素

Carboxyl esterase 2

キーワード

HYDROLASE / lipase alpha/beta hydrolase fold archaebacterial-like enzymes PMSF

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / (Perigord truffle) hypothetical protein

機能・相同性情報

生物種

Tuber melanosporum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.372 Å

データ登録者

Zanotti, G. / Vallese, F. / Cavazzini, D. / Ottonello, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A family of archaea-like carboxylesterases preferentially expressed in the symbiotic phase of the mycorrhizal fungus Tuber melanosporum.
著者: Cavazzini, D. / Grossi, G. / Levati, E. / Vallese, F. / Montanini, B. / Bolchi, A. / Zanotti, G. / Ottonello, S.

履歴

登録	2016年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / Item: _audit_author.name / _citation.title
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mii.cif.gz	247.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mii.ent.gz	207.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mii_validation.pdf.gz	326.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mii_full_validation.pdf.gz	339.3 KB	表示
XML形式データ	5mii_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mifC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mif-2 3w7i-d 3w7k-d 3w2k-d 3w71-d 6rb0-d 3w75-d 3i5y-d 6kmo-d 3w72-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carboxyl esterase 2

B: Carboxyl esterase 2

C: Carboxyl esterase 2

D: Carboxyl esterase 2

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carboxyl esterase 2

C: Carboxyl esterase 2

ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Carboxyl esterase 2

D: Carboxyl esterase 2

ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	157.931, 157.931, 231.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-529- HOH
2	1	C-535- HOH

#1: タンパク質	Carboxyl esterase 2 分子量: 37597.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tuber melanosporum (strain Mel28) (菌類) 株: Mel28 / 遺伝子: GSTUM_00003552001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: D5GA36
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 18 mg/ml of purified protein in 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.1M NaCl, 2% v/v Triton X-100) and 20% polyethylene glycol 3350 in 0.2 M KNO3 (pH 6.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→47.2 Å / Num. obs: 68933 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.3 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.372→47.198 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.35

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2449	3484	5.06 %	random selection
R_work	0.1942	-	-	-
obs	0.1967	68822	99.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.372→47.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9396	0	0	491	9887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	13121
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.726	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3724-2.4049	0.4028	116	0.3221	2211	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4049-2.4392	0.3344	122	0.2911	2566	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4392-2.4757	0.3555	148	0.2803	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4757-2.5143	0.3175	151	0.2621	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5143-2.5556	0.2972	134	0.2557	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5556-2.5996	0.3085	139	0.246	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5996-2.6469	0.2887	137	0.2278	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6469-2.6978	0.3025	145	0.2218	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6978-2.7529	0.2667	137	0.2271	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7529-2.8127	0.2559	136	0.2305	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8127-2.8781	0.3223	125	0.2332	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8781-2.9501	0.3155	132	0.2372	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9501-3.0298	0.3038	143	0.2369	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0298-3.119	0.3002	129	0.2333	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.119-3.2196	0.3304	149	0.2173	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2196-3.3347	0.2445	123	0.2194	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3347-3.4681	0.2623	157	0.2094	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4681-3.6259	0.2723	139	0.1936	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6259-3.817	0.2294	139	0.1978	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.817-4.0561	0.2245	148	0.1712	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0561-4.369	0.1966	138	0.1455	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.369-4.8083	0.1745	155	0.1371	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8083-5.5032	0.1882	143	0.1496	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5032-6.9299	0.2083	163	0.1664	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9299-47.2078	0.1879	136	0.1653	2917	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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