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- PDB-5mi8: Structure of the phosphomimetic mutant of EF-Tu T383E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mi8
タイトルStructure of the phosphomimetic mutant of EF-Tu T383E
要素Elongation factor Tu 1
キーワードHYDROLASE / phosphomimetic protein / nucleotide binding / conformational cycle / protein dynamics / translation elongation / toxin-antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor Tu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli HS (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Talavera, A. / Hendrix, J. / Versees, W. / De Gieter, S. / Castro-Roa, D. / Jurenas, D. / Van Nerom, K. / Vandenberk, N. / Barth, A. / De Greve, H. ...Talavera, A. / Hendrix, J. / Versees, W. / De Gieter, S. / Castro-Roa, D. / Jurenas, D. / Van Nerom, K. / Vandenberk, N. / Barth, A. / De Greve, H. / Hofkens, J. / Zenkin, N. / Loris, R. / Garcia-Pino, A.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
FNRSMIS F.4505.16 ベルギー
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Phosphorylation decelerates conformational dynamics in bacterial translation elongation factors.
著者: Talavera, A. / Hendrix, J. / Versees, W. / Jurenas, D. / Van Nerom, K. / Vandenberk, N. / Singh, R.K. / Konijnenberg, A. / De Gieter, S. / Castro-Roa, D. / Barth, A. / De Greve, H. / Sobott, ...著者: Talavera, A. / Hendrix, J. / Versees, W. / Jurenas, D. / Van Nerom, K. / Vandenberk, N. / Singh, R.K. / Konijnenberg, A. / De Gieter, S. / Castro-Roa, D. / Barth, A. / De Greve, H. / Sobott, F. / Hofkens, J. / Zenkin, N. / Loris, R. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2016年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu 1
B: Elongation factor Tu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,60317
ポリマ－88,7152
非ポリマー1,88815
水3,621201
1
A: Elongation factor Tu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,42110
ポリマ－44,3581
非ポリマー1,0649
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Elongation factor Tu 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1827
ポリマ－44,3581
非ポリマー8256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.870, 61.510, 65.040
Angle α, β, γ (deg.)71.53, 71.17, 87.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Elongation factor Tu 1 / EF-Tu 1


分子量: 44357.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli HS (大腸菌) / 遺伝子: tuf1, EcHS_A3535 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8A5E6

-
非ポリマー , 7種, 216分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES and 10 % PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.8696 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8696 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→52.8 Å / Num. obs: 38398 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 55.9 Å2 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→52.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9525 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 1680 4.85 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.189 34608 85.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4092 Å24.0426 Å24.4926 Å2
2--3.3635 Å22.4131 Å2
3---1.0457 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.331 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.18→52.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5711 0 115 201 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015931HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.278077HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1995SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes914HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5931HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion809SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6922SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 91 5.08 %
Rwork0.2234 1701 -
all0.2251 1792 -
obs--85.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10590.25790.16231.6995-0.46720.46410.0876-0.20380.0266-0.0629-0.02820.0852-0.10110.0066-0.0594-0.1344-0.01270.0019-0.0959-0.0988-0.080943.726417.1976-2.4315
20.55310.3121-1.21051.1891-0.72741.1442-0.02010.07160.06380.0314-0.0366-0.03160.0370.0530.0567-0.1598-0.0331-0.09-0.0295-0.0368-0.068525.523133.97417.3366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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