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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mg3 | ||||||||||||
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タイトル | EM fitted model of bacterial holo-translocon | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / holotranslocon / membrane protein insertion machinery / protein secretion | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to chloroplast / protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation ...protein localization to chloroplast / protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / thylakoid membrane organization / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / protein insertion into membrane / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / intracellular protein transport / protein transport / protein folding / protein-containing complex assembly / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Schaffitzel, C. / Botte, M. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, フランス, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: A central cavity within the holo-translocon suggests a mechanism for membrane protein insertion. 著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek ...著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek Singha Roy / Klaus Schulten / Patrick Schultz / Juri Rappsilber / Giuseppe Zaccai / Imre Berger / Ian Collinson / Christiane Schaffitzel / 要旨: The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein ...The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein insertion. By employing an integrative approach combining small-angle neutron scattering (SANS), low-resolution electron microscopy and biophysical analyses we determined the arrangement of the proteins and lipids within the super-complex. The results guided the placement of X-ray structures of individual HTL components and allowed the proposal of a model of the functional translocon. Their arrangement around a central lipid-containing pool conveys an unexpected, but compelling mechanism for membrane-protein insertion. The periplasmic domains of YidC and SecD are poised at the protein-channel exit-site of SecY, presumably to aid the emergence of translocating polypeptides. The SecY lateral gate for membrane-insertion is adjacent to the membrane 'insertase' YidC. Absolute-scale SANS employing a novel contrast-match-point analysis revealed a dynamic complex adopting open and compact configurations around an adaptable central lipid-filled chamber, wherein polytopic membrane-proteins could fold, sheltered from aggregation and proteolysis. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mg3.cif.gz | 572.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mg3.ent.gz | 449.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mg3_validation.pdf.gz | 744.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mg3_full_validation.pdf.gz | 804.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mg3_validation.xml.gz | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mg3_validation.cif.gz | 83 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/5mg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/5mg3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Protein translocase subunit ... , 4種, 4分子 YEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 50410.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secY, prlA, b3300, JW3262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGA2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15248.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secE, prlG, b3981, JW3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG96 |
#4: タンパク質 | 分子量: 67687.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secD, b0408, JW0398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG90 |
#5: タンパク質 | 分子量: 35413.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secF, b0409, JW0399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG93 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GC
#3: タンパク質 | 分子量: 14326.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secG, b3175, JW3142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG99 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 62658.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yidC, b3705, JW3683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25714 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: bacterial holo-translocon (HTL) / タイプ: COMPLEX 詳細: Membrane Protein Complex consisting of SecYEG-SecDFYajC-YidC Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.25 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PACEMBL_HTL3 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 5 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 84732 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53648 / 対称性のタイプ: POINT |