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- PDB-5mfx: Zika NS3 helicase:RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mfx
タイトルZika NS3 helicase:RNA complex
要素
  • Genome polyprotein
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*U)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / RNA / Core protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Jenkins, H.T. / Ge, M. / Chechik, M. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT098230 英国
Wellcome TrustWT101528 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: How Zika virus NS3 helicase grips the first nucleotide of the leading RNA strand
著者: Jenkins, H.T. / Ge, M. / Chechik, M. / Greive, S.J. / Antson, A.A.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8074
ポリマ－53,5592
非ポリマー2482
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.355, 73.037, 58.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 50742.871 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1685-2125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160JCU6, UniProt: A0A146CJH9*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*U)-3')


分子量: 2815.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zika virus (ジカ熱ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% (w/v) ethylene glycol, 10% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 20mM sodium formate, 20mM ammonium acetate, 20mM tri-sodium citrate, 20mM sodium potassium L-tartrate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→45.69 Å / Num. obs: 57739 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.266 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / CC1/2: 0.484 / % possible all: 96.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JLQ

2jlq


解像度: 1.598→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.768 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 2878 5 %RANDOM
Rwork0.1619 ---
obs0.1634 54856 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.51 Å2 / Biso mean: 26.389 Å2 / Biso min: 15.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.26 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.598→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 92 17 387 3829
Biso mean--41.92 36.76 -
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9264858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97837486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8495440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40322.635148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.78715549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5451532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6622.221750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6372.2171748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5733.3212188
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 190 -
Rwork0.299 3969 -
all-4159 -
obs--96.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24830.02230.07410.4796-0.11510.3139-0.00540.00090.00760.0363-0.0327-0.039-0.05150.01390.03810.0126-0.0077-0.00540.0080.00080.04-1.424613.04-17.8551
20.1060.11290.01890.51720.15470.31720.0203-0.0224-0.02650.0613-0.04640.02510.0027-0.0160.0260.0221-0.01050.00420.01110.00610.0231-16.7174-8.146-9.0765
31.0758-0.10060.24470.1369-0.1170.2610.01770.01420.01120.0153-0.0027-0.00750.0046-0.0213-0.0150.0074-0.00070.00270.0128-0.00660.0383-19.3314.1605-37.161
41.35083.0292-0.77086.8579-1.55441.1477-0.05290.12410.0659-0.08590.26170.11110.0728-0.0639-0.20870.0228-0.0202-0.00830.02530.00040.0453-17.9174.0949-22.0672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A183 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2A328 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3A481 - 616
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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