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- PDB-5mf7: New Insights into the Role of DNA Shape on Its Recognition by p53... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mf7
タイトルNew Insights into the Role of DNA Shape on Its Recognition by p53 Proteins (complex p53DBD-GADD45)
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • DNA
キーワードTRANSCRIPTION / P53 / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA BINDING / DNA RECOGNITION / HOOGSTEEN BASE-PAIRING / TRANSCRIPTION REGULATION / APOPTOSIS / BIOLOGICAL RHYTHMS / CELL CYCLE / NUCLEUS / TUMOR SUPPRESSOR / ANTIGEN NY-CO-13 / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 14-3-3 protein binding / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / response to salt stress
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain ...Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Rozenberg, H. / Diskin-Posner, Y. / Golovenko, D. / Shakked, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: New Insights into the Role of DNA Shape on Its Recognition by p53 Proteins.
著者: Golovenko, D. / Brauning, B. / Vyas, P. / Haran, T.E. / Rozenberg, H. / Shakked, Z.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7106
ポリマ－51,4733
非ポリマー2373
水8,323462
1
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: DNA
ヘテロ分子

A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,42112
ポリマ－102,9476
非ポリマー4746
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)138.056, 50.034, 67.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 22505.582 Da / 分子数: 2 / 断片: P53 DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / プラスミド: PET27-B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 6462.196 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESISED BY IDT / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 断片: ZN / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 断片: PEG / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % / Mosaicity: 0.605 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 4% Tacsimate, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 75213 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 14.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/av σ(I): 19.798 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.48-1.516.51.5330.714193.1
1.51-1.537.51.4070.798197
1.53-1.567.81.1530.859197.2
1.56-1.5980.9380.91197.2
1.59-1.638.10.8610.926197.4
1.63-1.678.10.6920.945197.6
1.67-1.718.10.5590.962197.6
1.71-1.758.20.4410.976198
1.75-1.818.20.3580.987198
1.81-1.868.20.2840.99198.1
1.86-1.938.20.2130.993198.2
1.93-2.018.20.1680.996198.4
2.01-2.18.20.1380.997198.5
2.1-2.218.20.110.998198.7
2.21-2.358.10.0950.998198.7
2.35-2.538.10.0830.998199.1
2.53-2.798.10.0760.998199.2
2.79-3.198.10.0610.999199.4
3.19-4.0280.0480.998199.5
4.02-507.80.0470.999199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.01 Å49.2 Å
Translation5.01 Å49.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-2499_1692精密化
PHASER2.7.3位相決定
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 2AC0

2ac0


解像度: 1.59→49.199 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.08
詳細: Translational non-crystallographic symmetry (tNCS) correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 4207 6.93 %RANDOM SELECTION
Rwork0.1984 ---
obs0.2008 60700 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.7 Å2 / Biso mean: 23.2305 Å2 / Biso min: 4.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→49.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2906 574 9 464 3953
Biso mean--26.4 31.51 -
残基数----396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0735820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8332398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.59-1.60810.34461460.33281863200997
1.6081-1.6270.32951340.30731851198597
1.627-1.64680.36341300.28781847197797
1.6468-1.66770.26591380.27651857199597
1.6677-1.68960.29861410.26781839198097
1.6896-1.71280.31851440.26311895203998
1.7128-1.73720.27171400.25881824196498
1.7372-1.76320.27981280.24651865199398
1.7632-1.79070.26241680.2491889205798
1.7907-1.82010.27171170.23241880199798
1.8201-1.85150.28581420.22651859200198
1.8515-1.88510.29091360.22871864200098
1.8851-1.92140.23841490.23321873202298
1.9214-1.96060.25971340.20761854198898
1.9606-2.00330.2561460.21531885203198
2.0033-2.04990.25191400.22161868200898
2.0499-2.10110.28571500.2121890204098
2.1011-2.15790.2251300.20711904203499
2.1579-2.22140.25171370.20421864200199
2.2214-2.29310.20361400.19291884202499
2.2931-2.37510.26051420.20051925206799
2.3751-2.47020.21421390.19981891203099
2.4702-2.58260.22951380.19761886202499
2.5826-2.71870.27581440.19231897204199
2.7187-2.88910.2871450.21191929207499
2.8891-3.11210.24021450.1941906205199
3.1121-3.42520.20541450.17061923206899
3.4252-3.92070.20641440.153219332077100
3.9207-4.93890.15141430.133619602103100
4.9389-49.22270.14141320.15331888202094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05570.00390.01060.00040.00560.23040.0006-0.03480.04050.01160.0005-0.06130.0097-0.0602-0.03030.0872-0.0124-0.04850.1460.02220.289632.47310.168319.5125
20.077-0.01740.03070.0105-0.01060.0215-0.02610.0035-0.0046-0.0203-0.03960.01520.0063-0.00010.00030.21230.0264-0.00260.18070.03350.188120.41659.7124.6586
30.1796-0.16180.00960.4969-0.2380.2955-0.0651-0.0219-0.00770.0099-0.0101-0.11590.05410.0116-0.68630.06410.02580.02890.0538-0.00030.059920.90511.978314.4411
40.026-0.02420.03650.0285-0.02080.0810.0095-0.0092-0.04980.00330.0119-0.04940.0469-0.07040.00240.0729-0.03260.02180.1287-0.05330.21426.5213-7.959412.426
50.1811-0.12710.03810.3809-0.04060.2715-0.0342-0.00340.1127-0.0235-0.0447-0.01870.0437-0.052-0.34310.07940.0112-0.01310.0533-0.03760.111920.23130.287513.043
60.01850.0025-0.05370.0004-0.00730.1557-0.041-0.00840.05970.11350.0575-0.11030.0159-0.0087-0.06050.12820.0251-0.00730.10440.0670.233230.98180.172953.0853
70.0319-0.00860.00940.0031-0.0040.0083-0.02350.0034-0.0049-0.0183-0.03770.01190.006-0.000300.20540.02680.00690.19190.02960.18118.93839.709838.2356
80.25740.00140.0060.1151-0.1510.2482-0.0666-0.00660.10560.0448-0.0451-0.1515-0.06310.0083-0.59330.0657-0.0151-0.04680.09910.02220.137919.4522.01247.8832
90.00750.0080.00140.0090.00080.00130.01780.0006-0.09020.01410.0092-0.05110.0295-0.10360.00030.1740.01650.02950.11520.00810.09235.0394-7.963346.0001
100.0183-0.04810.04720.1795-0.02780.3005-0.01340.05440.02320.0176-0.0626-0.08950.00610.0501-0.49670.07170.03290.0180.12890.05140.067319.8164-3.473646.1986
110.0101-0.008-0.01580.00680.01340.02830.06730.00150.0414-0.01310.0016-0.0135-0.02810.00090.04260.1758-0.0203-0.03810.10620.05550.277213.868720.328349.0662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 94 through 112 )A94 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 123 )A113 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 176 )A124 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 177 through 194 )A177 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 195 through 293 )A195 - 293
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 112 )B94 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 123 )B113 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 124 through 176 )B124 - 176
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 177 through 194 )B177 - 194
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 195 through 277 )B195 - 277
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 278 through 293 )B278 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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