PDB-5mf2: Bacteriophage T5 distal tail protein pb9 co-crystallized with Tb-Xo4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mf2

タイトル

Bacteriophage T5 distal tail protein pb9 co-crystallized with Tb-Xo4

要素

Distal tail protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Lanthanide complexes / Crystallogenesis / Anomalous scattering / Bacteriophages

機能・相同性

機能・相同性情報

virus tail, baseplate / virus tail
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage T5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Engilberge, S. / Riobe, F. / Di Pietro, S. / Lassalle, L. / Arnaud, C.-A. / Breyton, C. / Madern, D. / Coquelle, N. / Maury, O. / Girard, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Crystallophore: a versatile lanthanide complex for protein crystallography combining nucleating effects, phasing properties, and luminescence.
著者: Engilberge, S. / Riobe, F. / Di Pietro, S. / Lassalle, L. / Coquelle, N. / Arnaud, C.A. / Pitrat, D. / Mulatier, J.C. / Madern, D. / Breyton, C. / Maury, O. / Girard, E.

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2018年7月25日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mf2.cif.gz	437.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mf2.ent.gz	366.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mf2_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mf2_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5mf2_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	5mf2_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f2m-4 6f2m-3 5mn9-d 4jmq-4 4jmq-2 2yrb-d 6ls1-d 4jmq-1 2iqc-d 6oi4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Distal tail protein

B: Distal tail protein

C: Distal tail protein

D: Distal tail protein

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Distal tail protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Distal tail protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Distal tail protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Distal tail protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.464, 95.502, 71.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Distal tail protein / Dit / Tail protein pb9 分子量: 24479.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: D16, ORF128, T5.139, T5p135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QGE8
#2: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物	ChemComp-7MT / Tb-Xo4 分子量: 556.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₅O₄Tb
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 6 to 11 % PEG 6000 and MPD 5% in 100 mM HEPES buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.64 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.64 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.384 Å / Num. obs: 122847 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 9.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11_2567: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

解像度: 2→48.38 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 27.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	6108	4.97 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.211	122847	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5784	0	106	298	6188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6029
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.596	8194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.027	3526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3437	206	0.3655	3784	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0227-2.0465	0.3526	208	0.3499	3860	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0465-2.0715	0.3604	204	0.3445	3831	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0715-2.0977	0.3596	203	0.3305	3958	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0977-2.1253	0.3285	203	0.3205	3819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1253-2.1544	0.3372	205	0.3103	3896	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1544-2.1852	0.2963	205	0.2906	3819	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1852-2.2178	0.299	211	0.2783	4003	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2178-2.2525	0.2939	198	0.2739	3854	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2525-2.2894	0.3024	214	0.2795	3940	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2894-2.3289	0.2631	204	0.2697	3849	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3289-2.3712	0.2813	211	0.272	3891	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3712-2.4168	0.3184	207	0.2578	3789	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4168-2.4662	0.2879	193	0.2472	3977	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4662-2.5198	0.3062	212	0.2422	3900	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5198-2.5784	0.2701	207	0.241	3944	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5784-2.6429	0.2949	201	0.2348	3878	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6429-2.7143	0.2691	199	0.2208	3898	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7143-2.7942	0.2367	208	0.217	3822	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7942-2.8844	0.2932	204	0.2159	3960	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8844-2.9875	0.2418	209	0.2166	3874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9875-3.1071	0.2354	190	0.2018	3938	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1071-3.2484	0.2186	206	0.198	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2484-3.4197	0.2497	199	0.1918	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4197-3.6338	0.2054	201	0.1764	3870	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6338-3.9143	0.164	200	0.1699	3875	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9143-4.308	0.1976	200	0.1685	3883	X-RAY DIFFRACTION	98
4.308-4.9308	0.1708	204	0.1483	3925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9308-6.2103	0.1945	200	0.1834	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2103-48.3977	0.2257	196	0.2174	3917	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9019	-6.2624	5.804	5.8199	-5.3259	9.0044	0.1096	0.3625	-0.3431	-0.1894	-0.0949	0.5307	-0.2938	0.141	-0.043	0.3714	-0.032	0.0439	0.3092	0.0219	0.3431	30.9243	13.6978	-1.5329
2	9.5021	4.2141	2.375	4.7459	5.043	6.1272	0.0657	-0.0356	-0.3076	0.4076	0.0293	-0.2725	0.6894	1.0967	-0.0647	0.3065	0.005	-0.0138	0.3305	0.0304	0.4105	35.8609	1.3792	16.7534
3	5.7768	3.7508	-0.6465	5.2482	-1.6239	7.917	0.0099	0.1791	0.3414	-0.078	-0.2344	-0.2337	-0.3502	0.4874	0.0846	0.3014	0.0004	-0.0125	0.3106	0.0312	0.3463	38.6585	14.7597	0.2089
4	6.5178	0.4888	1.5006	2.1872	0.7518	7.7583	0.0803	0.1639	-0.0829	0.0385	0.2005	-0.0657	-0.2689	-0.0572	-0.2263	0.3414	-0.0934	0.0342	0.2684	0.02	0.2684	15.8597	11.5579	20.0361
5	4.8031	-0.2184	-3.1207	0.9356	0.0478	5.4826	0.1678	-0.1267	0.0468	0.0678	-0.1291	-0.1346	-0.2581	0.468	-0.0774	0.3073	-0.0555	-0.0205	0.2302	0.0217	0.2522	24.1614	9.4123	20.4069
6	7.7485	-1.1398	-2.6868	4.2857	-1.8213	2.4336	-0.1367	0.3054	-0.3821	-0.3347	-0.4922	-0.1742	-0.2114	1.7652	0.4006	0.3182	-0.1404	0.043	0.4404	0.0144	0.5016	41.5968	7.7339	-0.6383
7	5.2952	4.1076	4.7984	5.8799	4.4386	4.5724	0.0912	-0.494	-0.2432	-0.6024	-0.1178	0.3682	-0.0648	-0.5192	-0.146	0.3353	-0.0697	0.0328	0.3912	0.0681	0.4347	3.26	-17.238	21.3506
8	4.2806	1.6237	0.2989	3.756	-1.3142	2.6842	0.2572	-0.5206	-0.4166	0.1894	0.0231	0.2633	0.3892	-0.6155	-0.1917	0.39	-0.0652	0.0149	0.4834	0.1015	0.4104	5.4095	-17.0311	29.2048
9	5.8317	-2.3127	2.9678	2.6246	-1.5735	6.3001	-0.0528	0.2513	-0.0907	0.1783	0.0259	0.2284	-0.1711	-0.0145	0.0669	0.2969	-0.0517	0.0406	0.297	0.0445	0.3802	26.6255	-15.5861	11.6322
10	4.0739	0.4138	-1.9668	0.8958	-0.6465	3.2443	0.0116	-0.1623	-0.0907	0.0496	0.0082	0.002	-0.1039	0.0333	-0.0039	0.3011	-0.0178	-0.0098	0.2722	0.0266	0.327	26.428	-13.2692	18.2182
11	9.6299	-0.3159	-4.3399	2.876	2.5683	4.0126	0.1763	-2.9772	-0.1293	1.0749	0.1557	-0.4457	0.6062	1.503	-0.2148	0.4877	-0.0967	0.0323	0.767	0.1637	0.5463	12.1015	-15.9969	33.4795
12	2.8694	0.3931	-2.6221	8.3794	0.1721	4.8629	0.4292	-1.1765	0.2491	0.3858	-0.2819	0.7899	-0.2716	-1.0729	-0.171	0.4296	-0.0962	0.0785	0.5893	0.0221	0.3385	3.776	-12.5128	30.8427
13	6.4642	4.6866	3.835	3.5254	2.9379	5.6116	-0.2282	-0.2047	0.2165	-0.564	-0.0659	-0.6042	-0.5164	0.0451	0.3165	0.491	0.0582	0.0902	0.3703	-0.0147	0.3852	-5.6618	13.6518	65.1938
14	5.0608	-1.0067	-1.7421	6.8445	-4.9416	4.9124	-0.1327	0.1284	-0.5942	-0.1836	-0.0819	-0.2763	0.6971	-0.8328	0.2402	0.2958	-0.1247	0.0341	0.4136	-0.01	0.3433	-6.1536	-1.9178	52.5403
15	4.9681	-0.074	0.4614	5.4554	5.0691	8.4452	0.1053	0.1236	0.5764	-0.5684	-0.1748	0.4011	-1.039	-0.8186	0.0535	0.4453	0.0483	-0.0083	0.5458	0.0661	0.4893	-14.668	11.8521	63.7738
16	5.9549	-0.923	-3.3071	0.9995	2.4648	6.2911	0.1355	-1.063	0.2752	-0.0081	0.1298	-0.0886	-0.0997	0.9431	-0.2812	0.3704	-0.0163	-0.0088	0.4496	-0.1466	0.3084	7.4781	12.3873	51.2787
17	5.5433	0.5996	-2.6663	0.9723	-0.8879	5.9097	0.1983	-0.0666	-0.053	0.1027	-0.0638	-0.0179	-0.1065	-0.1885	-0.1605	0.3645	-0.0489	0.0058	0.2614	-0.033	0.2505	5.9115	8.0423	41.2621
18	7.6467	1.5369	-1.9936	4.7448	2.4859	2.967	0.114	0.2458	-0.1912	-0.0164	-0.0686	0.0965	0.4015	-0.9234	-0.1067	0.2547	-0.0325	0.0018	0.4008	0.0904	0.4073	-14.9396	4.013	63.159
19	4.5322	-2.7726	4.7317	8.6804	-4.3912	6.3706	0.4467	0.1236	-0.9593	0.0455	-0.4907	-0.0027	0.77	0.3767	-0.0204	0.2662	0.021	0.0215	0.3853	-0.008	0.4752	75.2752	-18.7544	0.7726
20	7.207	2.1288	4.0171	8.4742	1.848	8.6737	0.2217	0.0463	0.8243	0.2092	-0.0786	0.153	0.0246	-0.0897	-0.1312	0.2905	-0.1288	0.0915	0.4343	0.0627	0.3368	65.0736	-2.6663	-1.6625
21	7.3659	-2.6913	-1.2251	3.5178	-1.0286	3.0146	0.1737	0.6407	-0.6441	-0.1678	-0.289	0.2179	0.6313	-0.1067	0.1256	0.3635	-0.0815	0.0005	0.5575	-0.1011	0.4798	75.7325	-16.0274	-7.1787
22	4.562	1.9683	0.8567	2.4759	-1.6309	6.3374	-0.1249	-0.3228	-0.6102	0.1572	0.1504	-0.2198	0.0313	0.1626	0.0222	0.2666	0.0555	0.0399	0.3959	-0.0509	0.4369	50.8807	-15.4233	11.0676
23	5.3001	0.2516	-2.7954	1.0307	-0.5003	4.1499	-0.1319	0.1827	-0.0064	0.0263	-0.08	-0.053	0.0269	0.0332	0.1887	0.2731	-0.023	-0.0142	0.4089	0.0075	0.4261	51.0997	-11.4525	5.3985
24	6.141	-2.9803	1.3556	4.3827	-0.1585	5.0329	0.1186	0.7615	0.1254	-0.2365	-0.1608	0.0451	0.0013	0.0678	0.0596	0.353	-0.1269	0.0515	0.5674	0.094	0.373	76.1994	-8.1562	-8.2205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 22:49)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 50:84)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 85:122)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 123:178)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 179:205)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 1:23)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 24:84)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 85:122)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 123:173)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 174:178)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 179:205)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 1:18)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 19:52)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 53:81)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 82:99)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 100:173)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 174:205)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 1:17)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 18:53)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 54:84)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 85:122)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 123:173)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 174:205)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)