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- PDB-5med: Cyanothece lipoxygenase 2 (CspLOX2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5med
タイトルCyanothece lipoxygenase 2 (CspLOX2)
要素Arachidonate 15-lipoxygenaseALOX15
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Linoleate 11-lipoxygenase (リノール酸-11-リポキシゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / 脂質過酸化反応 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / リポキシゲナーゼ / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / リポキシゲナーゼ / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / 1,4-ブタンジオール / : / HEXANE-1,6-DIOL / 1,3-PROPANDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / N-PROPANOL / Arachidonate 15-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Lipoxygenase 2 from Cyanothece sp. controls dioxygen insertion by steric shielding and substrate fixation.
著者: Newie, J. / Neumann, P. / Werner, M. / Mata, R.A. / Ficner, R. / Feussner, I.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 15-lipoxygenase
B: Arachidonate 15-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,60121
ポリマ－129,1152
非ポリマー1,48619
水18,8441046
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area44400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.500, 165.400, 166.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Arachidonate 15-lipoxygenase / ALOX15


分子量: 64557.562 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-569 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 8801) (バクテリア)
遺伝子: PCC8801_3106 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JX99, arachidonate 15-lipoxygenase

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非ポリマー , 9種, 1065分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル / 1,6-Hexanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル / Propan-1-ol


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#8: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル / 1-Butanol


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#9: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル / 1,3-プロパンジオール


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.1 M MES/imidazole, 0.02 M of each alcohol (1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 134076 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 24.48 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.90.5422.060.712176.7
1.9-20.463.190.8199.9
2-2.20.2455.50.928199.9
2.2-3.120.09411.060.988199.4
3.12-3.580.05317.850.992197.3
3.58-4.040.04720.80.992196.7
4.04-4.50.04422.450.993197
4.5-140.03425.730.997197.1
14-170.01928.830.999192.9
17-500.01626.10.999175.9
501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER2.6位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o8y

3o8y


解像度: 1.8→41.553 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 6700 5 %Random
Rwork0.1735 ---
obs0.1749 133973 95.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.29 Å2 / Biso mean: 30.3083 Å2 / Biso min: 11.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9061 0 106 1051 10218
Biso mean--45.97 38.18 -
残基数----1134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04412837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1975766
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.3551700.28123218338872
1.8205-1.84190.29381680.25673191335974
1.8419-1.86430.26931690.24293211338073
1.8643-1.88790.28641760.23683347352376
1.8879-1.91280.28122290.236543354564100
1.9128-1.9390.28212320.237444144646100
1.939-1.96670.2912280.226343374565100
1.9667-1.9960.24912310.219143894620100
1.996-2.02720.25192340.208844354669100
2.0272-2.06050.2532290.19943414570100
2.0605-2.0960.24792340.189244434677100
2.096-2.13410.24022280.186643454573100
2.1341-2.17520.21332330.180944224655100
2.1752-2.21960.22882290.181143524581100
2.2196-2.26780.21492340.182544464680100
2.2678-2.32060.21162290.178243534582100
2.3206-2.37860.20022340.175144254659100
2.3786-2.44290.20722290.170543824611100
2.4429-2.51480.21982320.174244024634100
2.5148-2.59590.20712340.169744414675100
2.5959-2.68870.20222290.16724360458999
2.6887-2.79630.18452320.16664406463899
2.7963-2.92360.19962320.17384399463199
2.9236-3.07760.1982310.16674391462299
3.0776-3.27040.17852290.16644359458898
3.2704-3.52280.21242290.1744352458197
3.5228-3.87710.18712310.1574371460297
3.8771-4.43750.16252300.14674362459297
4.4375-5.58870.16382350.14844464469997
5.5887-41.56360.18012400.16714580482096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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