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- PDB-5mdn: Structure of the family B DNA polymerase from the hyperthermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdn
タイトルStructure of the family B DNA polymerase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis
要素DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / family B DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Guo, J. / Zhang, W. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / Akhtar, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the family B DNA polymerase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis.
著者: Guo, J. / Zhang, W. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Ahmad, S. / Ali, S. / Rashid, N. / Akhtar, M.
履歴
登録2016年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,7168
ポリマ－178,5702
非ポリマー1466
水88349
1
A: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3584
ポリマ－89,2851
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3584
ポリマ－89,2851
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.190, 100.742, 119.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 89284.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis (古細菌) / 遺伝子: Pcal_1049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3MV07, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % / 解説: thick plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, potassium thiocyanate, Bis-Tris propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→118.93 Å / Num. obs: 42313 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc3_2553: ???)精密化
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xhb, 3a2f, 1wn7, 1s5j

2xhb

3a2f

1wn7

1s5j


解像度: 2.8→65.247 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 2132 5.08 %
Rwork0.2517 --
obs0.2537 41959 96.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→65.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12260 0 6 49 12315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73317017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9257597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.86520.45541510.44542574X-RAY DIFFRACTION95
2.8652-2.93680.41031340.39232642X-RAY DIFFRACTION97
2.9368-3.01620.36621590.36872568X-RAY DIFFRACTION96
3.0162-3.1050.3911440.34032646X-RAY DIFFRACTION96
3.105-3.20520.34711230.32082696X-RAY DIFFRACTION98
3.2052-3.31980.34791230.30552690X-RAY DIFFRACTION98
3.3198-3.45270.32721160.29392666X-RAY DIFFRACTION98
3.4527-3.60980.30331690.28552640X-RAY DIFFRACTION97
3.6098-3.80010.32161660.2572610X-RAY DIFFRACTION96
3.8001-4.03820.31011500.23912700X-RAY DIFFRACTION99
4.0382-4.34990.27211370.23052699X-RAY DIFFRACTION98
4.3499-4.78750.26981240.21512675X-RAY DIFFRACTION97
4.7875-5.480.22361290.2092696X-RAY DIFFRACTION98
5.48-6.9030.28441200.23442713X-RAY DIFFRACTION97
6.903-65.26490.23081870.1962612X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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