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- PDB-5mdi: Crystal structure of TDP-43 N-terminal domain at 2.1 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdi
タイトルCrystal structure of TDP-43 N-terminal domain at 2.1 A resolution
要素TAR DNA-binding protein 43
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA binding proteins / Dynamic polymerization / ALS / protein aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of protein phosphorylation / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / regulation of circadian rhythm / cytoplasmic stress granule / positive regulation of protein import into nucleus / mRNA processing / rhythmic process / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TAR DNA-binding protein 43 / TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Afroz, T. / Hock, E.-M. / Ernst, P. / Foglieni, C. / Jambeau, M. / Gilhespy, L. / Laferriere, F. / Maniecka, Z. / Plueckthun, A. / Mittl, P. ...Afroz, T. / Hock, E.-M. / Ernst, P. / Foglieni, C. / Jambeau, M. / Gilhespy, L. / Laferriere, F. / Maniecka, Z. / Plueckthun, A. / Mittl, P. / Paganetti, P. / Allain, F.H.T. / Polymenidou, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Functional and dynamic polymerization of the ALS-linked protein TDP-43 antagonizes its pathologic aggregation.
著者: Afroz, T. / Hock, E.M. / Ernst, P. / Foglieni, C. / Jambeau, M. / Gilhespy, L.A.B. / Laferriere, F. / Maniecka, Z. / Pluckthun, A. / Mittl, P. / Paganetti, P. / Allain, F.H.T. / Polymenidou, M.
履歴
登録2016年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAR DNA-binding protein 43
B: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9503
ポリマ－22,8912
非ポリマー591
水1,946108
1
A: TAR DNA-binding protein 43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4451
ポリマ－11,4451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TAR DNA-binding protein 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5042
ポリマ－11,4451
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.518, 89.518, 49.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 TAR DNA-binding protein 43


分子量: 11445.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARDBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7EJM5, UniProt: Q13148*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.4 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 32038 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 13.13
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 4.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.57 / CC1/2: 0.206 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.809 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20583 658 5 %RANDOM
Rwork0.16431 ---
obs0.16646 12500 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0.19 Å2-0 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1232 0 4 108 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0191261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7221.9991727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24632656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2595155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22624.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35915187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3871510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6112.951627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5792.94625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7734.381779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7724.385780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2943.261634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2963.267635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6474.779949
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.95236.7111433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.89336.2761420
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 49 -
Rwork0.254 939 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9618-1.7705-1.14655.04750.85412.66830.0735-0.13630.2655-0.0674-0.0189-0.0431-0.2975-0.1392-0.05460.06160.01360.0460.0137-0.00980.0732-5.333-34.42555.5794
25.81470.0761-2.40645.6227-1.05645.66210.13820.250.17650.0942-0.04930.04390.08620.1542-0.08890.0762-0.01270.08970.0539-0.01010.133112.8187-33.0568-6.6646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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