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- PDB-5mas: Peptaibol Bergofungin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mas
タイトルPeptaibol Bergofungin A
要素Bergofungin A
キーワードANTIBIOTIC / 3(10)-helix / peptaibols / antibiotic peptides / alpha-helix
機能・相同性Bergofungin A
機能・相同性情報
生物種Emericellopsis donezkii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.84 Å
データ登録者Gessmann, R. / Petratos, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: A natural, single-residue substitution yields a less active peptaibiotic: the structure of bergofungin A at atomic resolution.
著者: Gessmann, R. / Axford, D. / Bruckner, H. / Berg, A. / Petratos, K.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bergofungin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5101
ポリマ－1,5101
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area1600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.275, 8.932, 24.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bergofungin A


分子量: 1509.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: NOR00964 in norine database (http://bioinfo.lifl.fr/norine/form.jsp)
由来: (天然) Emericellopsis donezkii (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1Y9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 19.38 % / 解説: tiny hair
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: methanol/water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月30日
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.84→30 Å / Num. obs: 12250 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 0.84→0.94 Å / 冗長度: 0.94 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 52.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL2014/3精密化
XDSデータ削減
SHELXS2013/1位相決定
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.84→30 Å / Num. parameters: 985 / Num. restraintsaints: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.131 660 5 %THIN RESOLUTION SHELLS
all0.104 12250 --
obs0.103 11590 84.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: PLATON SQUEEZE
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 120 / Occupancy sum non hydrogen: 108.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.84→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数108 0 0 1 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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