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- PDB-5mac: Crystal structure of decameric Methanococcoides burtonii Rubisco ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mac
タイトルCrystal structure of decameric Methanococcoides burtonii Rubisco complexed with 2-carboxyarabinitol bisphosphate
要素Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
キーワードLYASE / Archaea / Rubisco / Decamer
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily ...Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcoides burtonii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gunn, L.H. / Valegard, K. / Andersson, I.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2015-05007 スウェーデン
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A unique structural domain in Methanococcoides burtonii ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) acts as a small subunit mimic.
著者: Gunn, L.H. / Valegard, K. / Andersson, I.
履歴
登録2016年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
B: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
C: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
D: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
E: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,99225
ポリマ－264,7915
非ポリマー2,20120
水5,296294
1
A: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
B: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
C: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
D: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
E: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
ヘテロ分子

A: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
B: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
C: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
D: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
E: Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,98450
ポリマ－529,58210
非ポリマー4,40240
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+11
Buried area70950 Å2
ΔGint-569 kcal/mol
Surface area132960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)273.760, 273.760, 96.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase type III


分子量: 52958.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcoides burtonii (古細菌)
遺伝子: Mbur_2322 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12TQ0, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 20K, polyglutamic acid, potassium bromide, magnesium chloride, sodium bicarbonate, ethylenediaminetetraacetic acid, Tris, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.37 Å / Num. obs: 126745 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 78.81 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.231 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LF1

4lf1


解像度: 2.6→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Blow DPI: 0.22
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 6337 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 126739 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1732 Å20 Å20 Å2
2--5.1732 Å20 Å2
3----10.3464 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18459 0 180 294 18933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0137337HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.267431HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8144SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes484HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5518HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it37337HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd11SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2476SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact42359SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 436 5 %
Rwork0.246 8289 -
all0.247 8725 -
obs--93.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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