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- PDB-5m9f: Structure of the two C-terminal domains of bacteriophage K gp144 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m9f
タイトルStructure of the two C-terminal domains of bacteriophage K gp144
要素ORF68
キーワードVIRAL PROTEIN / Putative receptor-binding protein / tower domain / tip domain / baseplate protein
機能・相同性ACETATE ION / ORF68
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage K (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, A. / Nguyen, T.H. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53425-P スペイン
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Receptor-Binding Protein of Staphylococcus Virus K
著者: Liu, A. / Nguyen, T.H. / Pichel-Beleiro, A. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure and genome release of Twort-like Myoviridae phage with a double-layered baseplate.
著者: Jiří Nováček / Marta Šiborová / Martin Benešík / Roman Pantůček / Jiří Doškař / Pavel Plevka /
要旨: Bacteriophages from the family Myoviridae use double-layered contractile tails to infect bacteria. Contraction of the tail sheath enables the tail tube to penetrate through the bacterial cell wall ...Bacteriophages from the family Myoviridae use double-layered contractile tails to infect bacteria. Contraction of the tail sheath enables the tail tube to penetrate through the bacterial cell wall and serve as a channel for the transport of the phage genome into the cytoplasm. However, the mechanisms controlling the tail contraction and genome release of phages with "double-layered" baseplates were unknown. We used cryo-electron microscopy to show that the binding of the Twort-like phage phi812 to the Staphylococcus aureus cell wall requires a 210° rotation of the heterohexameric receptor-binding and tripod protein complexes within its baseplate about an axis perpendicular to the sixfold axis of the tail. This rotation reorients the receptor-binding proteins to point away from the phage head, and also results in disruption of the interaction of the tripod proteins with the tail sheath, hence triggering its contraction. However, the tail sheath contraction of Myoviridae phages is not sufficient to induce genome ejection. We show that the end of the phi812 double-stranded DNA genome is bound to one protein subunit from a connector complex that also forms an interface between the phage head and tail. The tail sheath contraction induces conformational changes of the neck and connector that result in disruption of the DNA binding. The genome penetrates into the neck, but is stopped at a bottleneck before the tail tube. A subsequent structural change of the tail tube induced by its interaction with the S. aureus cell is required for the genome's release.
#2: ジャーナル: Appl Environ Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Potential of the polyvalent anti-Staphylococcus bacteriophage K for control of antibiotic-resistant staphylococci from hospitals.
著者: O'Flaherty, S. / Ross, R.P. / Meaney, W. / Fitzgerald, G.F. / Elbreki, M.F. / Coffey, A.
履歴
登録2016年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF68
B: ORF68
C: ORF68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5619
ポリマ－85,2433
非ポリマー3186
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.690, 81.311, 154.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ORF68 / Putative receptor binding protein


分子量: 28414.342 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage K (ファージ)
遺伝子: PhageK_122 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): (DE3) JM109 / 参照: UniProt: Q6Y7P9
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 12% w/v PEG 4000, 100 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.33 Å / Num. obs: 59974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.281 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 3498 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.947 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 3008 5 %RANDOM
Rwork0.16126 ---
obs0.16352 56864 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4852 0 21 617 5490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.025013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.9316821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.928310442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1475631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85224.138203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.22215796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3781518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2822.5762538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2252.5722532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0963.843161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0973.843162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7412.8082475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7412.8092476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1414.113661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.16721.9125976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.98721.3855717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 242 -
Rwork0.258 4109 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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