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- PDB-5m78: Human Carbonic Anhydrase II in complex with fragment-like inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m78
タイトルHuman Carbonic Anhydrase II in complex with fragment-like inhibitor.
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / PROTEIN-LIGAND-COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / angiotensin-activated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MERCURIBENZOIC ACID / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.077 Å
データ登録者Gloeckner, S. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: A Proof-of-Concept Fragment Screening of a Hit-Validated 96-Compounds Library against Human Carbonic Anhydrase II.
著者: Glockner, S. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4105
ポリマ－29,8071
非ポリマー6034
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.439, 41.423, 72.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29806.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first five residues (GSPEF) are residues from an expression tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: PGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸


分子量: 321.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5HgO2
#5: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Crystallization: 2 uL protein solution in 50 mM Tris, pH=7.8 mixed with 2 uL (NH4)2SO4, 100 mM Tris, pH=7.8, satured with PCMB and placed as hanging drop. Crystals appeared after a few days. ...詳細: Crystallization: 2 uL protein solution in 50 mM Tris, pH=7.8 mixed with 2 uL (NH4)2SO4, 100 mM Tris, pH=7.8, satured with PCMB and placed as hanging drop. Crystals appeared after a few days. The crystal for data collection was soaked in 5 uL containing 35 % PEG 3350 (50 % w/v), 20 % NaCl (1 M), 25 % PEG 400, 10 % H2O, 10 % Ligandstock in DMSO (1 M)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.077→41.423 Å / Num. obs: 103054 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.87
反射 シェル解像度: 1.077→1.14 Å / 冗長度: 3.64 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / CC1/2: 0.846 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3


解像度: 1.077→35.631 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.144 5153 5 %
Rwork0.1252 --
obs0.1261 103048 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.077→35.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 25 244 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.607863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0775-1.08970.21941420.21062707X-RAY DIFFRACTION82
1.0897-1.10260.19851700.19033216X-RAY DIFFRACTION99
1.1026-1.1160.17991720.17813283X-RAY DIFFRACTION98
1.116-1.13010.19241700.16183223X-RAY DIFFRACTION99
1.1301-1.1450.1851720.15663265X-RAY DIFFRACTION98
1.145-1.16070.18321700.1513234X-RAY DIFFRACTION98
1.1607-1.17730.18681730.14983275X-RAY DIFFRACTION99
1.1773-1.19480.16871700.14283236X-RAY DIFFRACTION98
1.1948-1.21350.15521720.14023271X-RAY DIFFRACTION99
1.2135-1.23340.14791720.1383261X-RAY DIFFRACTION99
1.2334-1.25470.14481710.1353254X-RAY DIFFRACTION99
1.2547-1.27750.1561700.13063239X-RAY DIFFRACTION99
1.2775-1.30210.14531730.11993275X-RAY DIFFRACTION99
1.3021-1.32870.12431740.11543310X-RAY DIFFRACTION99
1.3287-1.35750.12781710.11093253X-RAY DIFFRACTION99
1.3575-1.38910.13511740.1153303X-RAY DIFFRACTION99
1.3891-1.42390.11661720.11373275X-RAY DIFFRACTION99
1.4239-1.46240.13361740.10843305X-RAY DIFFRACTION100
1.4624-1.50540.14061750.11273308X-RAY DIFFRACTION99
1.5054-1.5540.14041710.10593258X-RAY DIFFRACTION99
1.554-1.60950.14071740.10563311X-RAY DIFFRACTION99
1.6095-1.6740.12181730.10413284X-RAY DIFFRACTION100
1.674-1.75020.12431760.10753336X-RAY DIFFRACTION99
1.7502-1.84240.12971740.10933306X-RAY DIFFRACTION99
1.8424-1.95780.13561720.11043279X-RAY DIFFRACTION99
1.9578-2.1090.11071740.11293307X-RAY DIFFRACTION99
2.109-2.32120.13221720.11683263X-RAY DIFFRACTION98
2.3212-2.6570.13531750.12233326X-RAY DIFFRACTION99
2.657-3.34710.15221750.1333332X-RAY DIFFRACTION99
3.3471-35.650.16041800.13633400X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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