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万見
- PDB-5m6g: Crystal structure Glucan 1,4-beta-glucosidase from Saccharopolysp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6g
タイトルCrystal structure Glucan 1,4-beta-glucosidase from Saccharopolyspora erythraea
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / 2-DOMAIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / beta-glucosidase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...: / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / sorbitol / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea D (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.829 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Lisov, A. / Leontievsky, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure Glucan 1,4-beta-glucosidase from Saccharopolyspora erythraea
著者: Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / reflns_shell / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,13412
ポリマ－65,3801
非ポリマー75411
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.292, 75.717, 113.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-glucosidase / Glucan 1 / 4-beta-glucosidase


分子量: 65379.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea D (バクテリア)
株: ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338
遺伝子: celD, SACE_6502, A8924_6851 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: A4FNP6, glucan 1,4-beta-glucosidase
#5: 糖 ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O6

-
非ポリマー , 4種, 288分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 20K, 100mM MES Sodium Salt, 80 mM Mangan II Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033121 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.829→50 Å / Num. obs: 47457 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.35 % / Net I/σ(I): 11.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ieq

1ieq


解像度: 1.829→45.511 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 2099 4.42 %
Rwork0.1716 --
obs0.173 47437 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.829→45.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4351 0 46 278 4675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8196113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0792671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8288-1.87130.28461350.24822919X-RAY DIFFRACTION93
1.8713-1.91810.30381410.23863050X-RAY DIFFRACTION98
1.9181-1.970.28331420.23343055X-RAY DIFFRACTION97
1.97-2.0280.26541420.21393066X-RAY DIFFRACTION97
2.028-2.09340.23541410.19623046X-RAY DIFFRACTION97
2.0934-2.16820.24431400.18743027X-RAY DIFFRACTION96
2.1682-2.2550.22031400.18313020X-RAY DIFFRACTION96
2.255-2.35770.20651370.17362970X-RAY DIFFRACTION94
2.3577-2.4820.24521390.17323005X-RAY DIFFRACTION95
2.482-2.63740.20361420.16393044X-RAY DIFFRACTION96
2.6374-2.84110.18751410.16443046X-RAY DIFFRACTION96
2.8411-3.12690.17821380.15882999X-RAY DIFFRACTION94
3.1269-3.57920.19281380.15452963X-RAY DIFFRACTION92
3.5792-4.50880.15141400.1373038X-RAY DIFFRACTION94
4.5088-45.52540.16461430.15633090X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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