[日本語] English
万見
- PDB-5m3z: Crystal structure of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m3z
タイトルCrystal structure of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase with C115H replacement in the complex with L-norleucine
要素Methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / methionine gamma-lyase / C115H substitution / L-norleucine
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NORLEUCINE / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO-HEXANOIC ACID / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Revtovich, S.V. / Nikulin, A.D. / Anufrieva, N.V. / Morozova, E.A. / Demidkina, T.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RSF15-14-00009 ロシア
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of mutant form Cys115His of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase complexed with l-norleucine.
著者: Revtovich, S.V. / Morozova, E.A. / Kulikova, V.V. / Anufrieva, N.V. / Osipova, T.I. / Koval, V.S. / Nikulin, A.D. / Demidkina, T.V.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8795
ポリマ－42,9881
非ポリマー8914
水6,233346
1
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,51420
ポリマ－171,9514
非ポリマー3,56316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area23590 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area46010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.513, 123.019, 127.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21A-664-

HOH

31A-726-

HOH

41A-750-

HOH

51A-795-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine gamma-lyase


分子量: 42987.805 Da / 分子数: 1 / 変異: C115H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: AN672_11005, HMPREF3212_02785, TN42_08855, TO64_18625
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A5P8W7, methionine gamma-lyase

-
非ポリマー , 5種, 350分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-NLE / NORLEUCINE / ノルロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PY6 / 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO-HEXANOIC ACID / VITAMIN B6 COMPLEXED WITH 2-AMINO-HEXANOIC ACID


分子量: 362.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N2O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MGL 20mg/ml, PEG MME 2000 37.5%, 50 ml TrisHCl, 25mM DTT, 0.2 mM PLP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 78132 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.569 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 1.45→88.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 3.109 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16934 3806 4.9 %RANDOM
Rwork0.12832 ---
obs0.13033 74318 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.214 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.71 Å2-0 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→88.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2992 0 58 346 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.9844415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2553.0047181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3275429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80124.328134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.315537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7551518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2982.3321632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2482.331631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9663.5022044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.973.5032045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.782.7591604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7792.7591605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9973.9922356
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.45120.7343960
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.37519.963751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.04536352
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.771571
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.35656554
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 267 -
Rwork0.289 5339 -
obs--96.99 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る