PDB-5m0c: Cocrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m0c

タイトル

Cocrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in complex with the Fasudil-fragment isoquinoline-5-sulfonamide

要素

(cAMP-dependent protein kinase ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / PKA / Kinase / Fasudil-derivative / Inhibition / Cocrystal / 3x-Phosphorylated / Ligand 01

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus ...negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.734 Å

データ登録者

Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cocrystal structure of cAMP-dependent Protein Kinase (PKA) in complex with different Fasudil-derivatives
著者: Wienen-Schmidt, B. / Jonker, H. / Gerber, H.-D. / Saxena, K. / Kudlinzki, D. / Sreeramulu, S. / Heine, A. / Schwalbe, H. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m0c.cif.gz	173.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m0c.ent.gz	135.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/5m0c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lcqC 5lcrC 5lctC 5lcuC 5m0bC 5m0lC 5m6vC 1q8wS 5lcp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sps-d 5n1h-d 2uzw-d 2f7z-d 1xh4-1 3agl-2 6e21-d 1ydt-d 2uw0-d 2c1b-d 4wb5-d 4xw5-d 2uzv-d 2uzu-d 3agm-d 1ke0-1 4iac-d 3dne-d 3emc-d 5n1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.393, 75.355, 80.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Phosphorylated at Ser11, Thr198, Ser339, the first 15 residues are not well defined in the electron density. 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Amino acids 5-24 from cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha from Sigma (order ID: P7739); the last amino acid is not well defined in the crystal structure 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925

#1: タンパク質

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha

分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Phosphorylated at Ser11, Thr198, Ser339, the first 15 residues are not well defined in the electron density.
由来: (組換発現)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: PRKACA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase

#2: タンパク質・ペプチド

cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform

分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Amino acids 5-24 from cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha from Sigma (order ID: P7739); the last amino acid is not well defined in the crystal structure
由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925

-
非ポリマー , 4種, 288分子

#3: 化合物	ChemComp-7CB / isoquinoline-5-sulfonamide 分子量: 208.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂O₂S
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: Drop: 10 mg/ml PKA (0.240 mM) 30 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9) 1 mM DTT 0.1 mM EDTA 75 mM LiCl 0.03 mM Mega 8 0.07mM PKI (Sigma: P7739) 0.12 mM ligand solved in DMSO (100 mM Stock) ...詳細: Drop: 10 mg/ml PKA (0.240 mM) 30 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9) 1 mM DTT 0.1 mM EDTA 75 mM LiCl 0.03 mM Mega 8 0.07mM PKI (Sigma: P7739) 0.12 mM ligand solved in DMSO (100 mM Stock) Reservoir: 14% Methanol 0.003 mL drop volume, 0.4 mL reservoir volume

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %

結晶化

温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Drop: 10 mg/ml PKA (0.240 mM) 30 mM MBT (MES/Bis-Tris Puffer pH 6.9) 1 mM DTT 0.1 mM EDTA 75 mM LiCl 0.03 mM Mega 8 0.07mM PKI (Sigma: P7739) 0.12 mM ligand solved in DMSO (100 mM Stock) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→43.75 Å / Num. obs: 45445 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.49 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 22.85
反射シェル	解像度: 1.73→1.84 Å / 冗長度: 4.61 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q8W

1q8w

解像度: 1.734→37.678 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	2273	5 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1741	45441	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.734→37.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2878	0	26	285	3189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79	4167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.387	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.734-1.7717	0.247	138	0.2235	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7717-1.8129	0.2655	137	0.2152	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8129-1.8583	0.237	141	0.2044	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8583-1.9085	0.2377	137	0.1924	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9085-1.9647	0.253	142	0.2001	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9647-2.0281	0.2352	139	0.199	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0281-2.1006	0.2053	142	0.1794	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1006-2.1847	0.2183	140	0.1795	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1847-2.2841	0.2268	142	0.1723	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2841-2.4045	0.2152	142	0.1701	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4045-2.5551	0.213	142	0.173	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5551-2.7523	0.2087	144	0.1871	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7523-3.0292	0.232	142	0.184	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0292-3.4673	0.2167	146	0.1745	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4673-4.3673	0.1641	146	0.1483	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3673-37.6864	0.1584	153	0.1592	2896	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4816	-1.4356	-0.195	3.2037	-2.1231	2.9721	0.5037	0.0092	-0.668	-0.3486	-0.182	0.2743	1.3047	-0.6848	-0.2214	0.5909	-0.2731	-0.2328	0.6862	0.0264	0.493	-41.4542	-6.9381	-16.7284
2	4.2539	-1.3646	1.9568	2.676	1.0304	3.2208	0.2228	-0.1463	-0.0416	-0.3315	-0.4329	0.2186	-0.0825	-0.9883	0.1216	0.2246	0.0275	-0.0353	0.4102	0.0167	0.2578	-36.6654	8.129	-19.3862
3	2.3143	0.6622	0.6985	3.0278	1.3346	6.5753	0.0644	0.2887	0.3317	-0.4204	0.1477	-0.0966	-0.7916	-0.5514	-0.1851	0.2735	0.1271	-0.0172	0.3105	0.0084	0.3077	-36.3011	23.9871	-6.4491
4	4.8002	-0.1168	0.1124	6.9081	-2.0604	6.1105	-0.0064	-0.1121	0.3811	-0.0852	-0.0762	-0.4875	-0.7797	0.4868	0.0799	0.2533	0.0403	-0.017	0.2653	-0.051	0.2095	-29.5992	20.0199	7.5228
5	4.5029	-2.7794	-2.4474	4.4136	2.5856	1.7573	-0.3438	2.1066	0.7173	-1.1679	-0.3174	-1.0633	-0.2954	0.8803	0.0456	0.294	0.0394	0.0666	0.8271	0.2002	0.4874	-22.0554	15.6761	1.2387
6	3.3204	-2.4088	0.3975	3.7947	-0.7078	0.1351	-0.133	-0.2181	0.3329	0.3107	0.1094	0.1708	-0.4487	-0.6204	-0.0213	0.2703	0.1877	0.0156	0.4562	-0.0316	0.3253	-38.9077	21.312	4.1844
7	3.1399	0.4728	-1.4593	1.8798	0.2824	2.204	-0.2345	-0.0274	0.0871	0.1014	0.1818	0.0375	-0.2709	-0.2167	0.1205	0.152	0.0499	-0.0032	0.2648	0.0062	0.2474	-29.159	18.7946	-1.2409
8	6.1625	0.1369	1.6273	3.8469	0.7761	6.0563	0.2408	0.1098	-0.2144	0.2102	0.1923	-0.8128	-0.0047	0.9997	-0.43	0.1901	-0.0644	-0.0174	0.3139	-0.0283	0.2852	-15.0526	16.6307	-9.1306
9	1.2398	-0.0919	0.1953	1.9281	-0.6941	2.2675	-0.0543	-0.0065	-0.0664	-0.0172	0.0857	0.1284	0.0438	-0.3985	-0.0529	0.134	-0.0039	-0.0168	0.2426	-0.0217	0.2026	-31.62	7.6499	-9.9123
10	1.1194	-0.5127	-0.2482	2.057	-1.3658	4.3833	-0.084	-0.1019	0.0236	-0.0209	0.0962	0.0861	-0.1134	-0.4254	-0.0628	0.2144	0.0677	0.0173	0.2546	-0.0261	0.282	-31.6677	18.7801	-4.4191
11	1.0266	-0.0949	0.3134	1.1705	-0.6436	2.4319	-0.0849	-0.0828	-0.0511	0.0404	0.0551	0.1303	0.3443	-0.3345	0.0286	0.1865	-0.0245	0.0233	0.2118	-0.0022	0.1871	-29.2628	-3.0923	1.8395
12	6.7037	3.1069	-5.2374	2.4456	-3.2411	6.0522	0.1702	-0.5576	-0.0659	0.1199	-0.1685	0.2099	-0.0044	0.0111	-0.0129	0.1943	-0.0194	0.0177	0.31	-0.0012	0.2414	-32.2444	2.6656	0.3622
13	6.1816	-1.1629	-0.0563	2.4528	-0.5133	1.5412	0.064	0.2896	-0.3589	-0.1468	-0.142	-0.1315	0.363	0.2138	0.0536	0.2284	0.0498	0.0352	0.2658	-0.0175	0.2029	-19.2902	0.6943	-16.8537
14	1.5259	-0.2609	-0.1974	2.0043	-1.3658	4.5199	-0.0158	-0.0217	-0.0138	-0.0929	-0.2002	-0.3148	0.3008	0.565	0.205	0.2572	0.0525	0.0348	0.1972	0.0108	0.2192	-14.8352	-6.8511	-1.4474
15	1.0537	0.7631	-0.1599	1.5171	-1.3563	5.1832	-0.0664	-0.102	-0.5446	-0.1808	-0.0806	-0.3137	1.6221	0.4962	0.1416	0.6717	0.047	0.0383	0.1971	0.0153	0.3421	-20.0334	-18.5188	-0.3232
16	2.1309	0.1838	0.423	2.6152	0.2168	2.3115	-0.1268	0.0963	-0.3253	-0.0297	0.1765	0.3582	0.8762	-0.5142	-0.0373	0.4672	-0.2016	0.0016	0.375	0.0298	0.3379	-36.2431	-13.2413	-1.5779
17	0.0186	0.15	-0.0463	3.8229	-4.2088	5.8299	-0.1849	0.3387	0.6028	0.211	0.7706	1.3443	0.4152	-1.2384	-0.4654	0.4198	0.1679	0.1264	0.6099	0.1237	0.5463	-39.2902	9.7594	14.7964
18	0.1661	-0.8746	0.22	5.0702	-0.536	1.1	-0.2675	-0.2943	0.2358	0.4449	0.0264	-0.4452	-0.596	0.1983	0.2083	0.3409	0.0609	-0.0683	0.3077	-0.0339	0.2823	-26.2301	15.1864	11.9235
19	2.7912	0.0482	-1.3991	4.4953	0.843	2.7117	0.0698	-0.0808	0.4398	-0.2344	0.0398	-0.5276	-0.8343	0.2914	-0.0914	0.3602	-0.0189	-0.0047	0.2454	0.0086	0.3613	-22.6646	26.47	-10.6227
20	2.8193	0.6561	1.602	8.9726	-2.5734	3.0605	-0.0242	-0.2738	-0.0227	0.1661	-0.1577	0.3004	0.0888	0.1238	0.1693	0.2441	0.0387	0.0196	0.295	-0.0065	0.1988	-13.0205	-8.213	16.025
21	2.0965	-1.1861	1.4321	1.7499	-1.6567	2.3061	-0.1605	-0.1396	-0.0101	0.4101	0.1533	-0.1341	-0.2513	0.155	0.0362	0.2496	0.0545	-0.0128	0.2422	0.002	0.1763	-15.2046	2.4014	10.2442
22	1.9857	-1.7643	-0.7826	1.8733	1.4263	2.3555	0.3417	0.2855	0.7281	-0.2248	-0.4166	-0.592	-1.4589	0.3927	-0.0186	0.4402	0.0003	0.0288	0.3023	0.0098	0.3191	-15.0068	4.904	0.1882

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 13:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 25:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:43)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 44:51)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 52:57)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 58:66)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 67:77)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 78:85)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 86:106)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 107:122)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 123:175)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 176:187)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 188:199)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 200:253)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 254:282)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 283:315)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 316:323)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 324:334)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 335:350)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 5:11)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 12:18)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 19:23)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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