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万見
- PDB-5m04: Structure of ObgE from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m04
タイトルStructure of ObgE from Escherichia coli
要素GTPase ObgE/CgtA
キーワードHYDROLASE / GTPase / ObgE / CgtA
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / ribosome assembly / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GDP binding / rRNA binding ...guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / ribosome assembly / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GDP binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spo0b-associated Gtp-binding Protein; Chain: A, / GTP1/OBG domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. ...Spo0b-associated Gtp-binding Protein; Chain: A, / GTP1/OBG domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Distorted Sandwich / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase ObgE/CgtA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gkekas, S. / Singh, R.K. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek (FWO)G.0471.12N, G0B2515N ベルギー
Institute for the Promotion of Innovation through Science and Technology in Flanders (IWT). ベルギー
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical analysis of Escherichia coli ObgE, a central regulator of bacterial persistence.
著者: Gkekas, S. / Singh, R.K. / Shkumatov, A.V. / Messens, J. / Fauvart, M. / Verstraeten, N. / Michiels, J. / Versees, W.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase ObgE/CgtA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6663
ポリマ－39,1991
非ポリマー4682
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.590, 83.000, 177.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GTPase ObgE/CgtA / GTP-binding protein Obg


分子量: 39198.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
遺伝子: obgE, cgtA, obg, yhbZ, b3183, JW3150 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta, pLysS
参照: UniProt: P42641, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 15% (v/v) 2-propanol and 100 mM Sodium Citrate/HCl pH 5.6.
PH範囲: 5.4.-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→88.73 Å / Num. obs: 41090 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.81 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09028 / Rrim(I) all: 0.09784 / Net I/σ(I): 9.67
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.97 % / Rmerge(I) obs: 2.326 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.489 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LNZ

1lnz


解像度: 1.85→88.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.944 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.119
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23881 2051 5 %RANDOM
Rwork0.19801 ---
obs0.20007 39039 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→88.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 29 169 2768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9883544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99635827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6424.486107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58715451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3421516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8584.6661348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8584.6631347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4166.9761682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4166.9791683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5335.1321272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5425.1381264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8727.4921850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.61137.8032971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.55937.622922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 150 -
Rwork0.354 2845 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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