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- PDB-5lxu: Structure of the DNA-binding domain of LUX ARRHYTHMO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxu
タイトルStructure of the DNA-binding domain of LUX ARRHYTHMO
要素
  • (DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*A)-3')) x 2
  • Transcription factor LUX
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / transcription factor / MYB domain / three helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of circadian rhythm / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LUX/BOA-like / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Transcription factor LUX
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Zubieta, C. / Nanao, M.H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the DNA-binding domain of LUX ARRHYTHMO
著者: Zubieta, C. / Silva, C.S. / Lai, X. / Wigge, P. / Nanao, M.H. / Nayak, A.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor LUX
U: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9033
ポリマ－12,9033
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.160, 32.830, 53.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.610, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor LUX / Protein LUX ARRHYTHMO / Protein PHYTOCLOCK 1


分子量: 6814.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LUX, PCL1, At3g46640, F12A12.160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SNB4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 3035.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 3053.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M bis-tris propane, 20% PEG 3350, 0.2M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→42 Å / Num. obs: 13640 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.47 % / Biso Wilson estimate: 57.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 13.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
2.14-2.220.880.4521.590.65154.9
2.22-2.310.2822.590.82972.9
2.31-2.410.2113.70.91293.3
2.41-2.540.1395.110.96293.3
2.54-2.70.0977.160.97791.1
2.7-2.90.0639.880.99293.6
2.9-3.20.04214.440.99891.8
3.2-3.660.02821.080.99891.5
3.66-4.610.0229.140.99894.4
4.610.01932.790.99991.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→41.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.248 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 379 5.01 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 7572 91.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.53 Å2 / Biso mean: 56.45 Å2 / Biso min: 34.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1243 Å20 Å2-2.9949 Å2
2--5.2588 Å20 Å2
3---8.8655 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→41.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数466 406 0 93 965
Biso mean---58.16 -
残基数----77
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d272SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes8HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes90HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it934HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion121SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1002SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d934HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1348HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.21
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.39 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 82 4.83 %
Rwork0.229 1617 -
all-1699 -
obs--74.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1346-0.0486-0.04363.6288-0.37824.4798-0.02140.11280.0962-0.04410.08090.0336-0.138-0.5334-0.0595-0.06920.06330.00520.02120.0004-0.1186-7.544731.034468.1326
25.1670.1069-0.33397.6549-1.85633.67210.08040.0151-0.0938-0.1244-0.229-0.56930.03470.26530.1486-0.0774-0.00120.0166-0.1401-0.0374-0.03136.557428.237665.5056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A144 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2{ U|* }U1 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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