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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lvr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-E (CPD-E) | ||||||
要素 | Histone acetyltransferase KAT2B | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / BROMODOMAIN (ブロモドメイン) / HISTONE ACETYLTRANSFERASE KAT2B / HISTONE (ヒストン) / ACETYLATION (アセチル化) / ACETYLLYSINE / EPIGENETICS (エピジェネティクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (SGC) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein ADP-ribosylation / negative regulation of rRNA processing / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication / Physiological factors / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine acetylation ...regulation of protein ADP-ribosylation / negative regulation of rRNA processing / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication / Physiological factors / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine acetylation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / ミオフィラメント / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ATAC complex / I band / cellular response to parathyroid hormone stimulus / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / SAGA complex / limb development / A band / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of tubulin deacetylation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase binding / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / histone acetyltransferase activity / positive regulation of gluconeogenesis / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of glycolytic process / 糖新生 / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Metalloprotease DUBs / 紡錘体 / 記憶 / 動原体 / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of neuron projection development / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / vasodilation / rhythmic process / cellular response to oxidative stress / heart development / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / negative regulation of cell population proliferation / 中心体 / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hopkins, A.L. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016 タイトル: Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening. 著者: Navratilova, I. / Aristotelous, T. / Picaud, S. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Filappakopoulos, P. / Hopkins, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lvr.cif.gz | 112 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lvr.ent.gz | 87.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/5lvr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 724 - 829 / Label seq-ID: 12 - 117
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14172.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT2B, PCAF / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 参照: UniProt: Q92831, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-78Y / | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91997 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→49.83 Å / Num. obs: 23298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 51.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→49.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 8.137 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.492 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→49.83 Å
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拘束条件 |
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