[日本語] English
万見
- PDB-5lv9: Crystal structure of thermophilic tryptophan halogenase (Th-Hal) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lv9
タイトルCrystal structure of thermophilic tryptophan halogenase (Th-Hal) enzyme from Streptomycin violaceusniger.
要素thermophilic tryptophan halogenase
キーワードHYDROLASE / thermophilic / flavin reductase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermophilic tryptophan halogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces violaceusniger (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Menon, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure and biocatalytic scope of thermophilic flavin-dependent halogenase and flavin reductase enzymes.
著者: Menon, B.R. / Latham, J. / Dunstan, M.S. / Brandenburger, E. / Klemstein, U. / Leys, D. / Karthikeyan, C. / Greaney, M.F. / Shepherd, S.A. / Micklefield, J.
履歴
登録2016年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: thermophilic tryptophan halogenase
B: thermophilic tryptophan halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9392
ポリマ－115,9392
非ポリマー00
水6,792377
1
A: thermophilic tryptophan halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9691
ポリマ－57,9691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: thermophilic tryptophan halogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9691
ポリマ－57,9691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.140, 67.140, 477.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 thermophilic tryptophan halogenase


分子量: 57969.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces violaceusniger (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L1QK36*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06 M divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate) in 0.1 M buffer (1.0M imidazole + MES monohydrate acid buffer) at pH 6.5 made up with a 50% v/v ...詳細: 0.06 M divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate) in 0.1 M buffer (1.0M imidazole + MES monohydrate acid buffer) at pH 6.5 made up with a 50% v/v precipitant mix (that contained 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350).

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→57.7 Å / Num. obs: 51611 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 11.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.33→56.493 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 2546 4.95 %
Rwork0.1789 --
obs0.1812 51445 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.17 Å2 / Biso mean: 43.1279 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→56.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8133 0 0 377 8510
Biso mean---42.39 -
残基数----1022
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01811.2499-0.41461.6291-0.70121.4389-0.0106-0.2051-0.0238-0.0952-0.12330.06560.0961-0.2462-0.00730.4245-0.0694-0.01090.2619-0.00210.232942.65436.0627206.1986
20.03730.22190.02140.4004-0.37191.52770.15210.11670.0730.1173-0.040.1192-0.0704-0.2364-0.0060.463-0.1354-0.00050.1598-0.01050.30442.7421-1.8297215.506
30.2843-0.0257-0.14160.569-0.10941.6590.03920.046-0.040.0174-0.03920.05580.2807-0.04210.00510.439-0.0925-0.05010.1415-0.00210.24848.0973-11.0417219.145
41.0965-0.7765-0.00981.6801-1.17251.9240.0604-0.08290.17420.1551-0.156-0.1350.0406-0.1847-0.00280.3311-0.1186-0.01110.22210.03380.257746.47872.1855261.783
50.27350.1036-0.29511.15070.05641.24620.0173-0.05430.0252-0.15350.05540.1928-0.0167-0.2395-0.03250.3231-0.0946-0.06160.17910.02360.270144.860212.4766250.3569
60.22630.15160.04030.9207-0.01621.5391-0.0186-0.07720.0202-0.14790.01460.0978-0.1775-0.01090.01310.3113-0.0955-0.02040.1736-0.01670.244554.333118.8259246.3214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 72 )A2 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 244 )A73 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 510 )A245 - 510
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 49 )B2 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 50 through 244 )B50 - 244
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 245 through 514 )B245 - 514

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る