ソフトウェア 名称 バージョン 分類 Aimless0.1.29データスケーリング BUSTER-TNT1.10.0精密化 PDB_EXTRACT3.2 データ抽出 XDSNovember 11, 2013データ削減 PHASER2.5.2位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 4HT5解像度 : 1.45→47.92 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.9615 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.9536 / SU R Cruickshank DPI : 0.059 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / SU R Blow DPI : 0.061 / SU Rfree Blow DPI : 0.06 / SU Rfree Cruickshank DPI : 0.059 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1836 3659 5.04 % RANDOM Rwork 0.165 - - - obs 0.166 72565 99.97 % -
原子変位パラメータ Biso max : 101.51 Å2 / Biso mean : 21.32 Å2 / Biso min : 11.07 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.145 Å精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.45→47.92 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3130 0 13 325 3468 Biso mean - - 26.09 33.14 - 残基数 - - - - 409
拘束条件 大きな表を表示 (6 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ 数 Restraint function Weight Dev ideal X-RAY DIFFRACTION t_dihedral_angle_d1204 SINUSOIDAL2 X-RAY DIFFRACTION t_trig_c_planes85 HARMONIC2 X-RAY DIFFRACTION t_gen_planes502 HARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_it3311 HARMONIC20 X-RAY DIFFRACTION t_nbdX-RAY DIFFRACTION t_improper_torsionX-RAY DIFFRACTION t_pseud_angleX-RAY DIFFRACTION t_chiral_improper_torsion435 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_sum_occupanciesX-RAY DIFFRACTION t_utility_distanceX-RAY DIFFRACTION t_utility_angleX-RAY DIFFRACTION t_utility_torsionX-RAY DIFFRACTION t_ideal_dist_contact4324 SEMIHARMONIC4 X-RAY DIFFRACTION t_bond_d3311 HARMONIC2 0.01 X-RAY DIFFRACTION t_angle_deg4498 HARMONIC2 1.05 X-RAY DIFFRACTION t_omega_torsion4.22 X-RAY DIFFRACTION t_other_torsion14.98
LS精密化 シェル 解像度 : 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2167 296 5.55 % Rwork 0.1909 5035 - all 0.1923 5331 - obs - - 99.97 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.5165 0.1587 0.4382 0.338 0.1612 0.9218 0.0603 -0.0591 -0.0709 0.0577 -0.0121 -0.0055 0.1378 -0.0925 -0.0482 -0.0108 -0.0049 -0.0003 -0.0388 0.0048 -0.0117 6.1654 32.1529 2.7687 2 0.5518 -0.1701 0.2749 0.511 -0.0723 0.4032 0.0087 0.0855 -0.0171 -0.0872 0.0032 -0.0395 -0.0252 0.058 -0.0119 -0.0107 -0.0018 0.0168 -0.0079 -0.0118 -0.0353 8.9474 53.2142 -25.9122
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 { A|* }A3 - 206 2 X-RAY DIFFRACTION 2 { B|* }B2 - 206