[日本語] English
万見
- PDB-5ls6: Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ls6
タイトルStructure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor
要素
  • (Polycomb protein ...) x 2
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Jarid2 K116me3
キーワードTransferase/Inhibitor / Human PRC2 / Inhibitor / H3K27 / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity ...protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / RSC-type complex / negative regulation of stem cell differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / histone H3K9me2/3 reader activity / pronucleus / G1 to G0 transition / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / positive regulation of MAP kinase activity / histone methyltransferase complex / pericentric heterochromatin / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / subtelomeric heterochromatin formation / ribonucleoprotein complex binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / spleen development / protein localization to chromatin / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / liver regeneration / SUMOylation of chromatin organization proteins / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / B cell differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / ubiquitin binding / central nervous system development / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / hippocampus development / enzyme activator activity / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / liver development / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / protein-DNA complex / PKMTs methylate histone lysines / protein modification process / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / HCMV Early Events / rhythmic process / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / response to estradiol / regulation of gene expression / chromosome / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / methylation / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / nuclear body
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain ...Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / JmjC domain, hydroxylase / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-74D / Polycomb protein EED / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Protein Jumonji
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Zhang, Y. / Justin, N. / Chen, S. / Wilson, J. / Gamblin, S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification of (R)-N-((4-Methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-2-methyl-1-(1-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)piperidin-4-yl)ethyl)-1H-indole-3-carboxamide (CPI-1205), a ...タイトル: Identification of (R)-N-((4-Methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-2-methyl-1-(1-(1-(2,2,2-trifluoroethyl)piperidin-4-yl)ethyl)-1H-indole-3-carboxamide (CPI-1205), a Potent and Selective Inhibitor of Histone Methyltransferase EZH2, Suitable for Phase I Clinical Trials for B-Cell Lymphomas.
著者: Vaswani, R.G. / Gehling, V.S. / Dakin, L.A. / Cook, A.S. / Nasveschuk, C.G. / Duplessis, M. / Iyer, P. / Balasubramanian, S. / Zhao, F. / Good, A.C. / Campbell, R. / Lee, C. / Cantone, N. / ...著者: Vaswani, R.G. / Gehling, V.S. / Dakin, L.A. / Cook, A.S. / Nasveschuk, C.G. / Duplessis, M. / Iyer, P. / Balasubramanian, S. / Zhao, F. / Good, A.C. / Campbell, R. / Lee, C. / Cantone, N. / Cummings, R.T. / Normant, E. / Bellon, S.F. / Albrecht, B.K. / Harmange, J.C. / Trojer, P. / Audia, J.E. / Zhang, Y. / Justin, N. / Chen, S. / Wilson, J.R. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
B: Polycomb protein EED
C: Polycomb protein SUZ12
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
E: Polycomb protein EED
F: Polycomb protein SUZ12
G: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
H: Polycomb protein EED
I: Polycomb protein SUZ12
J: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
K: Polycomb protein EED
L: Polycomb protein SUZ12
Q: Jarid2 K116me3
R: Jarid2 K116me3
S: Jarid2 K116me3
T: Jarid2 K116me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,89452
ポリマ－553,74316
非ポリマー4,15236
水00
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
B: Polycomb protein EED
C: Polycomb protein SUZ12
Q: Jarid2 K116me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,47413
ポリマ－138,4364
非ポリマー1,0389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
E: Polycomb protein EED
F: Polycomb protein SUZ12
R: Jarid2 K116me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,47413
ポリマ－138,4364
非ポリマー1,0389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
H: Polycomb protein EED
I: Polycomb protein SUZ12
S: Jarid2 K116me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,47413
ポリマ－138,4364
非ポリマー1,0389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
K: Polycomb protein EED
L: Polycomb protein SUZ12
T: Jarid2 K116me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,47413
ポリマ－138,4364
非ポリマー1,0389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.310, 170.270, 275.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Polycomb protein ... , 2種, 8分子 BEHKCFIL

#2: タンパク質
Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42314.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#3: タンパク質
Polycomb protein SUZ12 / Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor ...Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor of zeste 12 protein homolog


分子量: 15249.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15022

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ADGJQRST

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2,Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 79494.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZH2, KMT6 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15910, histone-lysine N-methyltransferase
#4: タンパク質・ペプチド
Jarid2 K116me3


分子量: 1377.614 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92833*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 36分子

#5: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-74D / 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide


分子量: 514.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H36F2N4O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.67 / 詳細: 24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67 / PH範囲: 6.5-6.75

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→68.84 Å / Num. obs: 76561 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.47→3.56 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.63 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HYN

5hyn


解像度: 3.47→68.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 50.578 / SU ML: 0.715 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.712 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29866 3952 4.9 %RANDOM
Rwork0.22867 ---
obs0.23215 76561 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 104.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å20 Å2
2--7.94 Å2-0 Å2
3----6.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.47→68.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34711 0 180 0 34891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01935667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0233400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.94648152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1013.00276964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.06354246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85724.0481801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.322156315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.57415252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.25102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02140260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.028584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.02410.40317092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.02410.40217091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.0715.57321302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.0715.57321303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.98510.58518575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.98510.58518575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.77715.77726851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.59280.43439765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.59180.43639766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.47→3.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 280 -
Rwork0.385 5594 -
obs--99.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る