PDB-5lr3: RNA duplex has central consecutive GA pairs flanked by G-U basepairs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lr3

タイトル

RNA duplex has central consecutive GA pairs flanked by G-U basepairs

要素

RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*C)-3')

キーワード

RNA / N6-methyladenine / RNA folding / Watson-Crick basepairs

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Control of box C/D snoRNP assembly by N(6)-methylation of adenine.
著者: Huang, L. / Ashraf, S. / Wang, J. / Lilley, D.M.

履歴

登録	2016年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lr3.cif.gz	34.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lr3.ent.gz	24 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lr3_validation.pdf.gz	412.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lr3_full_validation.pdf.gz	414.8 KB	表示
XML形式データ	5lr3_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	5lr3_validation.cif.gz	4.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lqoC 5lqtC 5lr4C 5lr5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lr4-2 2dd3-d 2dd2-d 1xv0-d 1fyj-d 2o33-d 6fm8-d 2dd1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

6.72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.300, 33.300, 120.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GP(CBV)PCPGPGPAPUPGPGPC)-3') 分子量: 3310.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.015 M Magnesium Acetate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.7 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→29.17 Å / Num. obs: 8761 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 1.9 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.168 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2656	739	4.81 %
R_work	0.2474	-	-
obs	0.2484	8701	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	432	5	33	470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.499	760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.51	216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.018	96
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	20

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6501-1.7774	0.3714	129	0.4054	2858	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7774-1.9563	0.3675	153	0.356	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9563-2.2393	0.3008	171	0.3055	2930	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2393-2.8209	0.3394	154	0.2976	2928	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8209-29.1724	0.2043	132	0.1919	2951	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0382	0.163	0.0223	0.4342	0.8277	1.6172	0.7857	0.0847	-0.0838	-1.024	-0.258	-0.1488	0.2197	-0.1246	-0.4835	0.9995	-0.0017	0.0152	0.2801	0.0443	0.3946	9.4186	-18.2399	15.0204
2	2.7298	-0.1443	0.2258	2.6603	-0.4158	2.8577	0.2171	0.1307	-0.482	0.0769	-0.0974	0.4692	1.4485	0.122	-0.1938	0.5471	-0.0299	-0.0014	0.3102	-0.0032	0.2989	-3.1101	-14.5796	0.5231
3	0.7854	0.2001	1.4495	2.6164	-0.4496	3.0169	0.0345	-0.0755	0.0296	0.6547	-0.0934	0.0366	1.1169	1.0789	0.0393	0.4902	0.0679	-0.0285	0.3216	0.0105	0.3464	2.5467	-9.2098	1.6537
4	0.3622	-0.0513	-0.4922	0.0508	0.0428	0.6843	0.3426	0.1189	0.1528	-0.2958	-0.2566	0.0528	-0.2109	-0.0339	-0.2438	1.2218	-0.0665	-0.1096	0.3525	0.084	0.439	1.314	-23.4444	14.8468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:10)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:5)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 6:10)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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