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- PDB-5lqu: Crystal Structure of COMT in complex with N-[(E)-3-[(2R,3S,4R,5R)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lqu
タイトルCrystal Structure of COMT in complex with N-[(E)-3-[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-(ethylamino)purin-9-yl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]prop-2-enyl]-5-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydroxybenzamide
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / dopamine secretion / renin secretion into blood stream / negative regulation of dopamine metabolic process / fear response / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / S-adenosylmethionine metabolic process / response to salt / dopamine catabolic process / cellular response to phosphate starvation / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / response to stress / response to food / exploration behavior / response to temperature stimulus / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / response to pain / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to cytokine / kidney development / learning / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / memory / response to toxic substance / cognition / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / gene expression / cell body / postsynaptic membrane / vesicle / postsynapse / methylation / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / glutamatergic synapse / dendrite / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-619 / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Ellermann, M. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of COMT in complex with N-[(E)-3-[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-(ethylamino)purin-9-yl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]prop-2-enyl]-5-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydroxybenzamide
著者: Lerner, C. / Ellermann, M. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,01010
ポリマ－49,5452
非ポリマー1,4658
水7,530418
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6276
ポリマ－24,7721
非ポリマー8555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3834
ポリマ－24,7721
非ポリマー6103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.154, 61.571, 130.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24772.400 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 426分子

#2: 化合物 ChemComp-619 / N-[(E)-3-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-ethylaminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]prop-2-enyl]-5-(4-fluorophenyl)-2,3-dihydroxy-benzamide / N-[2-(N-エチル-5′-デオキシアデノシン-5′-イリデン)エチル]-4′-フルオロ-4,5-ジヒドロキシ-1,(以下略)


分子量: 550.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27FN6O6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0075 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.85 Å / Num. obs: 42837 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.07 % / Biso Wilson estimate: 25.032 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.850.662.90.78198.2
1.85-1.90.5633.860.89199.9
1.9-1.950.4295.130.9171100
1.95-2.010.3476.120.955199.9
2.01-2.080.2877.540.966199.9
2.08-2.150.2378.840.9741100
2.15-2.230.2099.960.98199.9
2.23-2.320.18411.50.983199.8
2.32-2.430.14613.470.99199.9
2.43-2.550.12615.450.992199.8
2.55-2.680.11117.060.9931100
2.68-2.850.09519.220.995199.8
2.85-3.040.08321.690.995199.7
3.04-3.290.07124.090.996199.7
3.29-3.60.06127.40.997199.7
3.6-4.020.05529.420.997199.8
4.02-4.650.04832.870.998199.6
4.65-5.690.04731.980.998199.7
5.69-8.050.04531.340.997199.8
8.05-44.850.03332.920.999197.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.8→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.445 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 2118 5.1 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
obs0.1646 39801 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 51.96 Å2 / Biso mean: 16.691 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3362 0 99 418 3879
Biso mean--17.56 31.33 -
残基数----427
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 118 -
Rwork0.244 2633 -
all-2751 -
obs--87.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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