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- PDB-5log: Crystal Structure of SafC from Myxococcus xanthus bound to SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5log
タイトルCrystal Structure of SafC from Myxococcus xanthus bound to SAM
要素Putative O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / O-METHYL TRANSFERASE / SAM
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-DOPAMINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Putative O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Netzer, J. / Einsle, O.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Functional and structural characterisation of a bacterial O-methyltransferase and factors determining regioselectivity.
著者: Siegrist, J. / Netzer, J. / Mordhorst, S. / Karst, L. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Richter, M. / Andexer, J.N.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-methyltransferase
B: Putative O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1487
ポリマ－52,5262
非ポリマー6225
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.840, 51.017, 72.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative O-methyltransferase


分子量: 26262.963 Da / 分子数: 2 / 変異: T78A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: safC / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50859

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非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-LDP / L-DOPAMINE / DOPAMINE / 2-(4-ヒドロキシ-5-オキシラトフェニル)-1-エタンアミニウム


分子量: 153.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO2 / コメント: 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG MME 5000, Sodium Acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.005→71.86 Å / Num. obs: 28956 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.58 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.303 / Rpim(I) all: 0.137 / Rrim(I) all: 0.357 / Rsym value: 0.359 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 193880 / Scaling rejects: 82
反射 シェル解像度: 2.005→2.11 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.159 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.373 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HNK

2hnk


解像度: 2.01→71.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1389 4.83 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 28744 97 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.64 Å2 / Biso mean: 27.71 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7833 Å20 Å21.2336 Å2
2---3.139 Å20 Å2
3----0.6443 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→71.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3469 0 40 297 3806
Biso mean--31.15 32.66 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1276SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes540HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3565HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion467SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4289SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3565HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4834HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.96
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.09 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 140 5.18 %
Rwork0.228 2562 -
all-2702 -
obs--86.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4627-0.41330.16911.00750.26741.5812-0.0757-0.32960.01940.0631-0.07770.2044-0.016-0.2120.15330.1143-0.010.1404-0.0346-0.047-0.0184-31.46370.992725.0739
20.9269-0.2991-0.20110.8322-0.11861.54410.03890.1487-0.0466-0.1895-0.0936-0.18180.24230.39570.05480.17960.07980.1575-0.01120.0107-0.03-12.4521-8.74189.4625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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