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- PDB-5lo9: Thiosulfate dehydrogenase (TsdBA) from Marichromatium purpuratum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lo9
タイトルThiosulfate dehydrogenase (TsdBA) from Marichromatium purpuratum - "as isolated" form
要素Cytochrome C
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome c / respiratory chain / electron acceptor / thiosulfate dehydrogenase (TsdA)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / TRIETHYLENE GLYCOL / S-1,2-PROPANEDIOL / THIOSULFATE / Cytochrome C
類似検索 - 構成要素
生物種Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Brito, J.A. / Kurth, J.M. / Reuter, J. / Flegler, A. / Koch, T. / Franke, T. / Klein, E. / Rowe, S. / Butt, J.N. / Denkmann, K. ...Brito, J.A. / Kurth, J.M. / Reuter, J. / Flegler, A. / Koch, T. / Franke, T. / Klein, E. / Rowe, S. / Butt, J.N. / Denkmann, K. / Pereira, I.A.C. / Dahl, C. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, ドイツ, 5件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPEst-OE/EQB/LA0004/2011 ポルトガル
Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas ポルトガル
German Research FoundationDA 351/7-2 ドイツ
German Academic Exchange Service ドイツ
BioStruct-X1494
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Electron Accepting Units of the Diheme Cytochrome c TsdA, a Bifunctional Thiosulfate Dehydrogenase/Tetrathionate Reductase.
著者: Kurth, J.M. / Brito, J.A. / Reuter, J. / Flegler, A. / Koch, T. / Franke, T. / Klein, E.M. / Rowe, S.F. / Butt, J.N. / Denkmann, K. / Pereira, I.A. / Archer, M. / Dahl, C.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The more the merrier: de novo phasing of Marichromatium purpuratum thiosulfate dehydrogenase TsdBA by high multiplicity Fe-SAD
著者: Brito, J.A. / Gutierres, A. / Kurth, J.M. / Reuter, J. / Dahl, C. / Archer, M.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02024年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C
B: Cytochrome C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,97340
ポリマ－111,2122
非ポリマー6,76238
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17860 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area36670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.753, 159.753, 393.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

CL

21A-1139-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome C


分子量: 55605.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: MARPU_02550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W0DW89

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非ポリマー , 7種, 151分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10 mM trimethylamine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7236 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7236 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→113.13 Å / Num. obs: 50199 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.76 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(dev_2276: ???)精密化
Cootモデル構築
BUSTER-TNT精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→113.13 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 4837 5.01 %
Rwork0.1567 --
obs0.1588 96525 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→113.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7028 0 443 113 7584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49710550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7144441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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