PDB-5lnb: Crystal structure of the de-sumoylating protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lnb

タイトル

Crystal structure of the de-sumoylating protease

要素

Ubiquitin-like-specific protease 2

キーワード

HYDROLASE / Protease / de-sumoylation

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO is proteolytically processed / plasmid maintenance / deSUMOylase activity / protein desumoylation / transcription elongation factor activity / chromosome condensation / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Eckhoff, J. / Dohmen, J. / Pichlo, C. / Baumann, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the de-sumoylating protease
著者: Eckhoff, J. / Dohmen, J. / Pichlo, C. / Baumann, U.

履歴

登録	2016年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lnb.cif.gz	128.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lnb.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2aeg-1 5et8-d 4yzg-2 4bs1-d 2a4l-d 2aeg-2 5et5-d 1yvj-d 4fkp-d 4bt1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Ubiquitin-like-specific protease 2

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.540, 55.580, 172.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-like-specific protease 2 分子量: 36613.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: protease domain residues 427 to 704 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: ULP2, SMT4, YIL031W / 詳細 (発現宿主): pMALc2X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40537, Ulp1 peptidase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M di-ammonium hydrogen citrate, 20 % PEG 3350, protein concentration 3 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.0644 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月23日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.0644 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→100 Å / Num. obs: 36221 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 44.9 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 33.82
反射シェル	解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→86.39 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.89

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1968	3137	9.04 %	random
R_work	0.1571	-	-	-
obs	0.1607	34694	98.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→86.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2174	0	4	199	2377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	3007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.851	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	331
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3359	0.2818	123	0.213	1246	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3359-2.3742	0.2155	129	0.1943	1298	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3742-2.4152	0.2264	143	0.1825	1426	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4152-2.4591	0.2028	134	0.1783	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4591-2.5064	0.2276	143	0.1663	1504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5064-2.5576	0.1992	144	0.1746	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5576-2.6132	0.2393	146	0.1747	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6132-2.674	0.202	141	0.153	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.674-2.7409	0.2012	140	0.1577	1422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7409-2.815	0.2269	147	0.1592	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.8978	0.1762	147	0.161	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-2.9913	0.1971	145	0.1591	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9913-3.0983	0.2529	146	0.1708	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0983-3.2223	0.1874	146	0.1719	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2223-3.369	0.215	149	0.1573	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.369-3.5466	0.1932	144	0.156	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5466-3.7688	0.2353	141	0.1488	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7688-4.0598	0.1358	146	0.1346	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0598-4.4683	0.158	146	0.1238	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4683-5.1148	0.1505	145	0.1237	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1148-6.4438	0.2063	146	0.1655	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4438-86.451	0.1977	146	0.1752	1457	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5623	-0.6813	1.0387	2.6354	-1.5613	5.2232	-0.0848	-0.5183	-0.0039	0.3499	0.1474	0.1263	-0.1967	-0.16	-0.0344	0.2373	-0.0292	0.0076	0.2842	-0.031	0.1828	5.7101	19.2802	70.2965
2	4.0915	1.2235	0.7033	1.3593	0.078	1.3597	-0.03	0.4395	-0.1695	-0.0375	0.0329	0.0474	0.0134	0.0724	0.009	0.1951	0.0019	0.0101	0.2192	-0.0401	0.1547	2.2899	13.1443	52.5075
3	2.5487	0.8506	-1.708	1.0272	-1.9111	4.4728	0.1097	-0.369	0.0684	0.2207	-0.2453	-0.0539	-0.4768	0.5611	0.1422	0.282	-0.018	-0.0248	0.1762	-0.0447	0.2657	12.1391	25.1869	66.4808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 22 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 84 through 232 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 233 through 299 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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