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- PDB-5ll4: Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with 4-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ll4
タイトルCrystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with 4-(1H-benzimidazol-1-ylacetyl)benzenesulfonamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / angiotensin-activated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6YH / MALONIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S.
引用ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2017
タイトル: Combinatorial Design of Isoform-Selective N-Alkylated Benzimidazole-Based Inhibitors of Carbonic Anhydrases
著者: Capkauskaite, E. / Linkuviene, V. / Smirnov, A. / Milinaviciute, G. / Timm, D. / Kasiliauskaite, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matulis, D.
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,13613
ポリマ－58,5782
非ポリマー1,55811
水11,746652
1
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1217
ポリマ－29,2891
非ポリマー8326
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0156
ポリマ－29,2891
非ポリマー7265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.110, 41.174, 72.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.210, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 2 / 断片: human carbonic anhydrase II / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 7種, 663分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 断片: 4-(1H-benzimidazol-1-ylacetyl)benzenesulfonamide / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 断片: Zn / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 断片: DMS / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 断片: BCN / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 断片: PEG / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#7: 化合物 ChemComp-6YH / 4-[2-(benzimidazol-1-yl)ethanoyl]benzenesulfonamide


分子量: 315.347 Da / 分子数: 2 / 断片: DXX / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13N3O3S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystallization buffer: 0.1M sodium bicine (pH 9), 0.2M ammonium sulfate and 2M sodium malonate (pH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.826606 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826606 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→41.174 Å / Num. obs: 144738 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.035 / Net I/av σ(I): 5.325 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.12-1.183.60.1574.3149.3
1.18-1.263.60.1335.5178.6
1.26-1.343.90.1017.3185.5
1.34-1.453.80.07110.4185.7
1.45-1.593.90.04914.6186.4
1.59-1.783.90.03718.9186.8
1.78-2.053.90.0321.9190.1
2.05-2.513.90.02724190
2.51-3.553.90.02718.4190.9
3.55-41.1743.90.03810.6189.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HLJ

3hlj


解像度: 1.12→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU R Cruickshank DPI: 0.0384 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.041
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1713 7204 5 %RANDOM
Rwork0.1312 ---
obs0.1332 137528 80.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.05 Å2 / Biso mean: 17.837 Å2 / Biso min: 5.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0.06 Å20.02 Å2
2--0.14 Å20.05 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.12→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 97 652 4873
Biso mean--24.77 30.31 -
残基数----519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.024677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2471.976376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9555582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26624.66206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78915777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.90434677
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.9055654
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.44154524
LS精密化 シェル解像度: 1.123→1.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 239 -
Rwork0.165 5052 -
all-5291 -
obs--39.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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