[日本語] English
万見
- PDB-5lkn: NMR solution structure of human FNIII domain 2 of NCAM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lkn
タイトルNMR solution structure of human FNIII domain 2 of NCAM
要素Neural cell adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / fibronectin type III domain / protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / cell adhesion / neuron projection / Golgi membrane / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Slapsak, U. / Salzano, G. / Amin, L. / Abskharon, R.N.N. / Ilc, G. / Zupancic, B. / Biljan, I. / Plavec, J. / Giachin, G. / Legname, G.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-242 スロベニア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The N Terminus of the Prion Protein Mediates Functional Interactions with the Neuronal Cell Adhesion Molecule (NCAM) Fibronectin Domain.
著者: Slapsak, U. / Salzano, G. / Amin, L. / Abskharon, R.N. / Ilc, G. / Zupancic, B. / Biljan, I. / Plavec, J. / Giachin, G. / Legname, G.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neural cell adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8581
ポリマ－11,8581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6670 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Neural cell adhesion molecule 1 / NCAM-1


分子量: 11858.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Details about the sequence Residue at position 595 is methionine and was added for the beginning of translation Residues 692-697 on C-terminal represents six histidine residues which were ...詳細: Details about the sequence Residue at position 595 is methionine and was added for the beginning of translation Residues 692-697 on C-terminal represents six histidine residues which were used as His-tag for protein purification
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAM1, NCAM / プラスミド: pET11a / Cell (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13591

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CO)CA
1121isotropic13D HNCA
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D CC(CO)NH
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] "fibronectin type III domain 2, 20 mM TBS, 150 mM sodium chloride, 10 % [U-2H] D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C and 15N labelled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mM"fibronectin type III domain 2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMTBSnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
90 %H2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 13C and 15N labelled / pH: 7.45 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAv1.8.42Keller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAElmar Krieger and Gert Vriend精密化
CINGDoreleijers JFデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る