PDB-5lfz: T48 deacetylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lfz

タイトル

T48 deacetylase

要素

ArCE4A

キーワード

HYDROLASE / deacetylase

機能・相同性

Glycoside hydrolase/deacetylase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / NICKEL (II) ION

機能・相同性情報

生物種

Arthrobacter sp. AW19M34-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.561 Å

データ登録者

Rothweiler, U.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structure and function of a CE4 deacetylase isolated from a marine environment.
著者: Tuveng, T.R. / Rothweiler, U. / Udatha, G. / Vaaje-Kolstad, G. / Smalas, A. / Eijsink, V.G.H.

履歴

登録	2016年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details / _entity.pdbx_description
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lfz.cif.gz	96.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lfz.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lfz_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lfz_full_validation.pdf.gz	415.5 KB	表示
XML形式データ	5lfz_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	5lfz_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/5lfz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lgcC 2c1gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t5l-2 5h4i-d 5h6v-d 4wd6-2 1e2g-d 6kk3-d 1qua-d 5zmq-1 2x5y-d 1uu5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArCE4A

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.090, 56.770, 76.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ArCE4A 分子量: 25028.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DNA sequence deposited at http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/LT630322 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. AW19M34-1 (バクテリア) 遺伝子: AA310_02990, ATC04_16800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 27.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5 15-30% PEG (1.5K; 2K; 3350 or 4K)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→35 Å / Num. obs: 25036 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2c1g

2c1g

解像度: 1.561→34.843 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	1883	8.05 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1806	23405	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.561→34.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1586	0	1	107	1694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957	2243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.45	603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5613-1.6035	0.4528	120	0.3705	1269	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6035-1.6507	0.3391	129	0.3144	1466	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6507-1.704	0.2879	133	0.2643	1510	X-RAY DIFFRACTION	87
1.704-1.7649	0.259	133	0.2472	1577	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7649-1.8355	0.2661	136	0.2259	1591	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8355-1.9191	0.2339	146	0.1997	1673	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9191-2.0202	0.2207	149	0.1865	1708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0202-2.1468	0.2194	153	0.1682	1733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1468-2.3125	0.2109	152	0.1646	1747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3125-2.5452	0.2117	153	0.1684	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5452-2.9133	0.2175	156	0.1833	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9133-3.6698	0.2099	158	0.1689	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6698-34.8513	0.1589	165	0.1613	1896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2708	-0.5812	0.4025	0.6362	-0.6902	1.9971	0.1251	0.0694	0.1463	-0.0715	-0.2023	-0.1047	-0.1373	0.2732	0.0001	0.2366	-0.0362	0.0078	0.234	0.0075	0.245	34.5913	37.3214	22.8758
2	1.4685	-0.0082	-0.2801	0.8438	-0.344	2.3209	-0.0395	-0.2646	-0.0202	0.1238	0.0212	0.0615	0.1747	-0.1313	-0.0001	0.2598	-0.0453	-0.0017	0.2676	0.0095	0.2441	26.1609	26.8113	33.6694
3	1.2124	-0.3672	-0.1544	1.0895	0.0071	1.3214	0.0256	0.1821	-0.021	-0.1576	-0.0658	0.0745	0.0131	-0.1679	-0.0002	0.23	-0.005	-0.0106	0.2148	-0.014	0.2243	24.6083	35.9127	17.7459
4	1.0599	0.2439	0.6892	1.1525	-0.8575	1.3773	-0.0311	-0.0454	0.1652	0.118	-0.1043	0.0247	-0.2645	0.122	0.0002	0.2751	-0.0178	-0.0036	0.2093	-0.0362	0.2654	28.9944	42.6303	23.5654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 133 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 134 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 218 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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