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- PDB-5lfj: Crystal Structure of the Bacterial Proteasome Activator Bpa of My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lfj
タイトルCrystal Structure of the Bacterial Proteasome Activator Bpa of Mycobacterium tuberculosis
要素Bacterial proteasome activator
キーワードCHAPERONE / Dodecamer / four-helix bundle
機能・相同性Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator / proteasome accessory complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome binding / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / plasma membrane / Bacterial proteasome activator
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bolten, M. / Delley, C.L. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N. / Weber-Ban, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Bacterial Proteasome Activator Bpa in Complex with the 20S Proteasome.
著者: Marcel Bolten / Cyrille L Delley / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban / Eilika Weber-Ban /
要旨: Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial ...Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial proteasome activator) was shown to support an alternate proteasomal degradation pathway. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of Bpa in complex with the 20S core particle (CP). For docking into the cryo-EM density, we solved the X-ray structure of Bpa, showing that it forms tight four-helix bundles arranged into a 12-membered ring with a 40 Å wide central pore and the C-terminal helix of each protomer protruding from the ring. The Bpa model was fitted into the cryo-EM map of the Bpa-CP complex, revealing its architecture and striking symmetry mismatch. The Bpa-CP interface was resolved to 3.5 Å, showing the interactions between the C-terminal GQYL motif of Bpa and the proteasome α-rings. This docking mode is related to the one observed for eukaryotic activators with features specific to the bacterial complex.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial proteasome activator
B: Bacterial proteasome activator
C: Bacterial proteasome activator
D: Bacterial proteasome activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5154
ポリマ－55,5154
非ポリマー00
水36020
1
A: Bacterial proteasome activator
B: Bacterial proteasome activator
C: Bacterial proteasome activator
D: Bacterial proteasome activator

A: Bacterial proteasome activator
B: Bacterial proteasome activator
C: Bacterial proteasome activator
D: Bacterial proteasome activator

A: Bacterial proteasome activator
B: Bacterial proteasome activator
C: Bacterial proteasome activator
D: Bacterial proteasome activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,54612
ポリマ－166,54612
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area25740 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area62100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.378, 101.378, 311.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-206-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...
21(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...
31(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...
41(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYS(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA38 - 554 - 21
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA5622
13LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
14LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
15LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
16LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
17LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
18LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
19LEULEUARGARG(chain A and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...AA37 - 1453 - 111
21THRTHRLYSLYS(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB38 - 554 - 21
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB5622
23SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
24SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
25SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
26SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
27SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
28SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
29SERSERLEULEU(chain B and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...BB36 - 1482 - 114
31THRTHRLYSLYS(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 554 - 21
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC5622
33THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
34THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
35THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
36THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
37THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
38THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
39THRTHRALAALA(chain C and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...CC38 - 1444 - 110
41THRTHRLYSLYS(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD38 - 554 - 21
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD5622
43LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
44LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
45LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
46LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
47LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
48LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114
49LEULEULEULEU(chain D and (resseq 38:55 or (resid 56 and (name...DD37 - 1483 - 114

-
要素

#1: タンパク質
Bacterial proteasome activator


分子量: 13878.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: bpa, Rv3780, MTCY13D12.14 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P9WKX3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 2-4 % (v/v) propane-2-ol, 100 mM HEPES-NaOH pH 7.5-8.2, 150-300 mM MgCl2
PH範囲: 7.5 - 8.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→84.5 Å / Num. obs: 19401 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 67.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 17.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSOct 15, 2015データ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LFP

5lfp


解像度: 2.6→84.499 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 967 5 %
Rwork0.2244 --
obs0.2277 19345 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 239.14 Å2 / Biso mean: 87.2775 Å2 / Biso min: 35.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→84.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3467 0 0 20 3487
Biso mean---70.61 -
残基数----441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1674751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0473032
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1991X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
12B1991X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
13C1991X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
14D1991X-RAY DIFFRACTION9.387TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.73710.39621350.301225862721100
2.7371-2.90860.38771370.30692574271199
2.9086-3.13320.35911370.276225832720100
3.1332-3.44850.34651360.270726002736100
3.4485-3.94750.31191390.247726282767100
3.9475-4.97340.24441380.180326432781100
4.9734-84.54320.26121450.202327642909100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6738-0.4973-0.26491.59791.07171.3934-0.2222-1.4707-0.2520.7099-0.3277-0.8164-0.25330.70070.01550.5889-0.0752-0.00720.57010.04850.6711-15.585231.376823.6612
21.1204-0.9887-0.45410.87490.26580.78280.33640.3656-1.03070.5698-0.23880.1809-0.0666-0.7126-0.00280.758-0.0257-0.01320.67670.00890.6084-21.224524.135816.412
31.5309-1.37960.86433.0462-0.71950.4885-0.5609-0.5732-0.34050.80420.33250.46570.6458-0.7863-0.1830.4922-0.05380.23110.45370.2490.9352-34.770828.635126.9227
44.0289-1.18630.88573.8064-2.01251.2770.0858-1.85550.20771.32080.19330.3682-1.27131.11160.04711.0133-0.03560.10151.034-0.00310.6463-23.398937.273931.5408
50.156-0.6338-0.54852.55492.13362.04030.2419-0.7015-0.252-0.3276-0.1518-0.8055-0.4120.13910.2550.2733-0.0203-0.2140.66840.28240.5582-0.020727.166823.8426
61.64160.78180.19171.33460.90810.7816-0.52651.1409-0.9229-0.29760.3664-0.81410.3146-1.40580.00220.69060.0732-0.00320.75590.08670.675-1.13418.137216.4442
70.3127-0.26220.21111.53042.35285.0221-0.1005-1.0108-1.59121.2023-0.51260.53891.1824-0.6118-0.84130.6746-0.07420.04130.49070.35860.9177-15.088715.150926.9772
82.1351-1.62160.51432.90920.4050.5120.3118-1.4808-0.33471.4287-0.1748-0.2663-1.0860.5383-0.26861.1779-0.2401-0.11071.33490.13270.5445-9.905428.391933.782
91.99420.342-0.49251.42190.83791.33960.1172-1.08320.53720.3768-0.0441-0.2624-0.5429-0.3774-0.00530.399-0.0866-0.08840.55620.13040.634615.639931.470823.804
101.0223-0.2270.30221.7070.41730.3612-1.06830.3212-0.663-0.92820.0569-1.49490.9059-0.2911-0.01010.8472-0.1005-0.01610.73870.09710.6819.239423.163216.4404
110.3369-0.08780.17470.59950.29380.30330.2344-0.9209-1.09710.2381-0.29740.69420.9958-0.1731-0.00020.6058-0.0561-0.0730.60520.25810.89898.509413.415426.863
124.61861.20741.68023.8218-0.55591.22270.0639-1.0370.00721.4532-0.07520.1942-1.2849-1.5231-0.00260.97370.0739-0.06060.92020.10750.6576.739127.313230.6355
130.85710.2289-0.89682.06640.67731.404-0.3535-0.26031.03260.8412-0.0327-0.5973-0.21-0.8028-0.00070.4666-0.0147-0.09540.57780.10350.673827.183642.938323.7675
141.0393-0.0439-0.79052.24990.72840.8294-0.66030.13520.1819-0.53560.0276-1.7356-0.2853-0.2716-0.00620.5838-0.1223-0.01390.77350.02850.716634.35737.377816.3904
151.29860.40670.51620.38040.49770.63770.3381-1.6878-1.03830.6246-0.7876-0.98652.0680.3362-0.11990.76730.1014-0.1950.75650.18610.989229.983623.791126.8982
163.2530.89970.63953.1191-0.29650.79140.0507-1.48260.41421.64080.385-0.0608-0.7188-0.53970.0481.122-0.0565-0.07711.1474-0.01570.645421.129835.035833.7243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 63 )A44 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 88 )A68 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 100 )A91 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 112 through 145 )A112 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 44 through 63 )B44 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 68 through 88 )B68 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 91 through 100 )B91 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 148 )B112 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 44 through 63 )C44 - 63
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 68 through 88 )C68 - 88
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 91 through 100 )C91 - 100
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 112 through 144 )C112 - 144
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 44 through 63 )D44 - 63
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 68 through 88 )D68 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 91 through 100 )D91 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 112 through 148 )D112 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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