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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lf2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of laminin beta2 LE5-LF-LE6 | ||||||
![]() | Laminin subunit beta-2 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Extracellular matrix | ||||||
機能・相同性 | ![]() metanephric podocyte development / metanephric glomerular basement membrane development / structural constituent of synapse-associated extracellular matrix / axon extension involved in regeneration / laminin-3 complex / laminin complex / basement membrane assembly / tissue development / astrocyte development / neuromuscular junction development ...metanephric podocyte development / metanephric glomerular basement membrane development / structural constituent of synapse-associated extracellular matrix / axon extension involved in regeneration / laminin-3 complex / laminin complex / basement membrane assembly / tissue development / astrocyte development / neuromuscular junction development / basement membrane / synaptic cleft / Schwann cell development / visual perception / substrate adhesion-dependent cell spreading / axon guidance / animal organ morphogenesis / synapse organization / cell morphogenesis / neuromuscular junction / neuron projection development / integrin binding / cell migration / retina development in camera-type eye / synapse 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pulido, D. / Hohenester, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of the laminin beta 2 short arm reveals how the LF domain is inserted into a regular array of LE domains. 著者: Pulido, D. / Briggs, D.C. / Hua, J. / Hohenester, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 350.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 292.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34515.414 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 523-833 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence mismatch with UniProt P15800 at residue 545 (arginine in the cDNA used to make the expression construct) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Condition H4 of the Morpheus screen (Molecular Dimensions) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→62.9 Å / Num. obs: 65011 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.29 / CC1/2: 0.635 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→62.879 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 35.3294 Å / Origin y: 43.564 Å / Origin z: 31.6553 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |