PDB-5ldv: Crystal Structures of MOMP from Campylobacter jejuni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ldv

タイトル

Crystal Structures of MOMP from Campylobacter jejuni

要素

MOMP porin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Porin

機能・相同性

Campylobacter major outer membrane / Campylobacter major outer membrane protein / metal ion binding / N-OCTANE / MOMP porin

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wallat, G.D. / Ferrara, L.M.G. / Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: MOMP from Campylobacter jejuni Is a Trimer of 18-Stranded beta-Barrel Monomers with a Ca(2+) Ion Bound at the Constriction Zone.
著者: Ferrara, L.G. / Wallat, G.D. / Moynie, L. / Dhanasekar, N.N. / Aliouane, S. / Acosta-Gutierrez, S. / Pages, J.M. / Bolla, J.M. / Winterhalter, M. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ldv.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ldv.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ldv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ldv_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ldv_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	5ldv_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5ldv_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ldtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ldt-d 4uqh-1 5ns8-d 6jl2-d 3t71-d 3t6w-d 3t6v-d 5ns7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MOMP porin

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MOMP porin

ヘテロ分子

A: MOMP porin

ヘテロ分子

A: MOMP porin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.630, 90.630, 104.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	MOMP porin 分子量: 44146.195 Da / 分子数: 1 / 変異: T1G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: momp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q659I5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25 詳細: 0.05M sodium citrate, 35% (v/v) Peg 400, 0.07 M potassium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.06733 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06733 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.24 Å / Num. obs: 28313 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.89
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 8.587 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22241	1429	5 %	RANDOM
R_work	0.19345	-	-	-
obs	0.19497	26883	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→39.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3081	0	49	127	3257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.942	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.697	3	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.306	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.933	25.443	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.996	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.652	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.401	2.489	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.401	2.489	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.13	3.716	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.13	3.716	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.856	2.82	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.855	2.822	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.943	4.096	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.313	20.861	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.313	20.871	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	111	-
R_work	0.212	2011	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3752	-0.2347	-0.3337	1.072	0.2202	0.7731	0.0908	-0.0997	0.1032	0.0734	0.0148	-0.0786	-0.0923	-0.0177	-0.1056	0.0977	0.0024	-0.0249	0.102	-0.0172	0.0377	12.976	50.169	5.833
2	2.2833	-0.6601	0.6043	10.7075	-3.8612	3.1175	0.0875	-0.0796	-0.0107	0.1236	-0.0894	0.084	-0.1413	0.0937	0.0019	0.0297	0.0047	-0.0046	0.1116	-0.0362	0.0149	8.076	44.04	6.393
3	2.3607	0.5824	-0.5103	1.8825	-0.4523	0.7461	0.09	-0.0891	-0.2599	-0.0135	0.0281	0.0237	0.0406	0.0267	-0.1181	0.092	0.0345	-0.0307	0.0589	-0.0261	0.1231	20.345	32.085	1.538
4	7.4442	-1.9424	2.5194	6.6496	4.1169	4.5666	-0.8278	-0.4297	0.4302	0.9513	0.3164	0.3948	0.2957	0.047	0.5114	0.4811	-0.0788	-0.0492	0.3269	-0.0434	0.1746	40.317	38.653	24.462
5	2.3916	0.8254	0.8304	3.5871	1.114	1.9362	0.1157	0.0092	-0.1969	-0.1266	-0.0295	-0.2532	0.1501	0.0671	-0.0862	0.0723	0.0496	0.0261	0.1358	-0.0174	0.1269	35.64	34.226	-1.169
6	1.6319	0.4432	0.7851	1.6714	0.0711	1.0585	0.0076	0.064	-0.0612	-0.1066	0.0193	-0.2545	0.0375	0.2268	-0.027	0.0694	0.0202	0.0142	0.1638	-0.039	0.1211	35.92	44.743	-3.087
7	3.197	-0.8819	-2.8098	1.2638	1.6056	6.3082	-0.016	-0.139	-0.0016	-0.089	0.007	-0.2117	-0.0832	0.2625	0.009	0.0705	-0.0034	-0.0157	0.0643	-0.0244	0.1132	30.597	55.538	1.806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	74 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	224 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	230 - 284
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	285 - 365
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	366 - 408

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新型コロナ情報

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