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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lc7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a single chain monellin mutant: E23Q/Q28K/C41S/Y65R-MNEI | ||||||
![]() | Monellin chain B,Monellin chain A | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / SWEET PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pica, A. / Merlino, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sweeter and stronger: enhancing sweetness and stability of the single chain monellin MNEI through molecular design. 著者: Leone, S. / Pica, A. / Merlino, A. / Sannino, F. / Temussi, P.A. / Picone, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 96 / Label seq-ID: 2 - 97
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11397.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG4K, 0.1 M sodium acetate at pH 4.6 and 0.2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.065 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 23642 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 11.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2o9u 解像度: 1.55→38.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.844 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.793 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.55→38.54 Å
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拘束条件 |
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