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- PDB-5lbd: Crystal structure of the N-domain of HMA6, a copper-transporting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lbd
タイトルCrystal structure of the N-domain of HMA6, a copper-transporting P-type ATPase
要素Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / P-type ATPase / copper transporter / chloroplast / inner membrane / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transmembrane transport / chloroplast membrane / copper chaperone activity / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion homeostasis / chloroplast envelope / photosynthetic electron transport chain / chloroplast stroma ...copper ion transmembrane transport / chloroplast membrane / copper chaperone activity / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion homeostasis / chloroplast envelope / photosynthetic electron transport chain / chloroplast stroma / plastid / chloroplast / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / AMMONIUM ION / Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mayerhofer, H. / Ravaud, S. / Pebay-Peyroula, E.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
European UnionHEALTH- F4-2007-201924 フランス
French National Research Agency10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Nucleotide-Binding Domains of the P1B-type ATPases HMA6 and HMA8 from Arabidopsis thaliana.
著者: Mayerhofer, H. / Sautron, E. / Rolland, N. / Catty, P. / Seigneurin-Berny, D. / Pebay-Peyroula, E. / Ravaud, S.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
B: Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,04313
ポリマ－28,1772
非ポリマー86611
水2,684149
1
A: Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6146
ポリマ－14,0891
非ポリマー5265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4297
ポリマ－14,0891
非ポリマー3406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.800, 65.191, 85.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic / Protein HEAVY METAL ATPASE 6 / Protein glucose insensitive root 1


分子量: 14088.546 Da / 分子数: 2 / 変異: EE709AA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PAA1, GIR1, HMA6, At4g33520, F17M5.280, T16L1.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SZC9, EC: 3.6.3.54

-
非ポリマー , 5種, 160分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.96 % / 解説: wedge shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.4, 0.6 M sodium formate After 4 h the wells were reopened and microseeds were added

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 35433 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.101 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→23.96 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1739 4.97 %
Rwork0.1837 --
obs0.1849 34994 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1663 0 17 149 1829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9222469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3321104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54420.35411530.32522730X-RAY DIFFRACTION99
1.5442-1.5940.31141390.29412732X-RAY DIFFRACTION99
1.594-1.6510.29791250.26982742X-RAY DIFFRACTION98
1.651-1.7170.24971390.24772726X-RAY DIFFRACTION98
1.717-1.79520.27431660.21852723X-RAY DIFFRACTION99
1.7952-1.88980.22881300.19672770X-RAY DIFFRACTION99
1.8898-2.00810.22531450.17672728X-RAY DIFFRACTION98
2.0081-2.16310.20591320.15922791X-RAY DIFFRACTION99
2.1631-2.38060.20371440.15392771X-RAY DIFFRACTION99
2.3806-2.72460.18091490.16482770X-RAY DIFFRACTION97
2.7246-3.43110.19711710.16682828X-RAY DIFFRACTION100
3.4311-23.96260.17741460.17672944X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81110.20920.81755.1380.3826.1275-0.1730.09280.0470.05510.0703-0.17820.08790.21830.0660.14750.00930.01820.1120.01760.1403-10.224618.667989.8965
25.35231.0997-5.29130.0038-1.3244.74470.47740.87210.81710.07590.36540.4247-0.8401-0.922-0.74080.44140.09170.0710.33660.08820.4245-18.029227.630390.5629
36.3129-1.1242-0.5876.3152-1.38225.66470.02230.0229-0.03750.00670.01640.07490.0424-0.23920.01750.08720.00580.0150.11650.00070.0941-18.908513.53999.3574
42.38141.78350.85485.87740.15335.26540.04210.1374-0.5688-0.1886-0.0304-0.54870.44630.20660.03480.20060.0185-0.00160.1148-0.00640.1958-12.10088.139791.6373
53.4614-0.4503-0.77983.5999-0.08423.8689-0.0841-0.1140.07860.2158-0.0292-0.0869-0.3713-0.27740.19090.1931-0.0046-0.05310.2281-0.00450.156-31.233814.0143118.8499
63.8010.17660.70771.18922.45628.02150.0178-0.1606-0.03860.19890.0443-0.11780.03230.2865-0.16030.1649-0.0555-0.00150.19030.04830.1983-23.232212.2734112.839
74.0177-2.0224-0.42574.6555-0.12594.5159-0.11930.0709-0.07520.01830.13720.3427-0.0673-0.6265-0.00270.0966-0.0175-0.03630.20170.03420.1717-37.089410.8036108.5663
85.88916.04320.76376.84721.07755.5011-0.3714-0.53020.3720.0620.21220.1356-0.8882-0.44310.31880.33780.0726-0.04790.34550.00780.2807-36.795718.3476118.0117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 606 through 655 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 656 through 670 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 671 through 703 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 704 through 734 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 606 through 642 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 643 through 670 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 671 through 725 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 726 through 734 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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