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万見
- PDB-5l9w: Crystal structure of the Apc core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9w
タイトルCrystal structure of the Apc core complex
要素(Acetophenone carboxylase ...) x 4
キーワードLIGASE / Acetophenone carboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetophenone carboxylase / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / ligase activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Acetophenone carboxylase beta subunit/Acetone carboxylase gamma subunit / Acetone carboxylase gamma subunit / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase, N-terminal / Oxoprolinase family / : ...: / : / : / : / Acetophenone carboxylase beta subunit/Acetone carboxylase gamma subunit / Acetone carboxylase gamma subunit / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase, N-terminal / Oxoprolinase family / : / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase N-terminal region / Hydantoinase/oxoprolinase C-terminal domain / Hydantoinase A/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / Acetophenone carboxylase alpha subunit / Acetophenone carboxylase beta subunit / Acetophenone carboxylase gamma subunit / Acetophenone carboxylase delta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Aromatoleum aromaticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Warkentin, E. / Weidenweber, S. / Ermler, U.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure of the acetophenone carboxylase core complex: prototype of a new class of ATP-dependent carboxylases/hydrolases.
著者: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Heider, J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new secondary structure in proteins: The G column, a bundle of glycine-rich type II polyproline helices
著者: Warkentin, E. / Weidenweber, S. / Schuehle, K. / Demmer, U. / Heider, J. / Ermler, U.
履歴
登録2016年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetophenone carboxylase delta subunit
B: Acetophenone carboxylase gamma subunit
b: Acetophenone carboxylase alpha subunit
C: Acetophenone carboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,85013
ポリマ－240,8674
非ポリマー1,9849
水25214
1
A: Acetophenone carboxylase delta subunit
C: Acetophenone carboxylase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3797
ポリマ－90,5002
非ポリマー8795
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetophenone carboxylase gamma subunit
b: Acetophenone carboxylase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4716
ポリマ－150,3672
非ポリマー1,1044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)240.080, 240.080, 336.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
Acetophenone carboxylase ... , 4種, 4分子 ABbC

#1: タンパク質 Acetophenone carboxylase delta subunit / Acetophenone carboxylase 75 kDa subunit


分子量: 75484.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (バクテリア)
株: EbN1 / 参照: UniProt: Q5P5G5, acetophenone carboxylase
#2: タンパク質 Acetophenone carboxylase gamma subunit / Acetophenone carboxylase 87 kDa subunit


分子量: 80431.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (バクテリア)
株: EbN1 / 参照: UniProt: Q5P5G4, acetophenone carboxylase
#3: タンパク質 Acetophenone carboxylase alpha subunit / Acetophenone carboxylase 70 kDa subunit


分子量: 69935.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (バクテリア)
株: EbN1 / 参照: UniProt: Q5P5G2, acetophenone carboxylase
#4: タンパク質 Acetophenone carboxylase beta subunit / Acetophenone carboxylase 15 kDa subunit


分子量: 15015.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (バクテリア)
株: EbN1 / 参照: UniProt: Q5P5G3, acetophenone carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#5: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 34 - 50 % (v/v) PEE, 0.1 M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 121963 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 14 % / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 14.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rrim(I) all: 2.42 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→19.971 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 6087 5.02 %
Rwork0.1965 --
obs0.1985 121173 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16670 0 77 14 16761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10923213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.97610257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.93290.44611950.45683576X-RAY DIFFRACTION91
2.9329-2.96730.44971890.45573584X-RAY DIFFRACTION91
2.9673-3.00330.46661870.45013580X-RAY DIFFRACTION91
3.0033-3.04120.46471860.4333594X-RAY DIFFRACTION91
3.0412-3.08110.44032060.39983603X-RAY DIFFRACTION92
3.0811-3.12310.39031830.39153622X-RAY DIFFRACTION92
3.1231-3.16760.40571950.35793678X-RAY DIFFRACTION93
3.1676-3.21470.38191850.35693634X-RAY DIFFRACTION93
3.2147-3.26470.38151830.35423710X-RAY DIFFRACTION94
3.2647-3.3180.36881850.3333753X-RAY DIFFRACTION95
3.318-3.37490.36352300.3073740X-RAY DIFFRACTION95
3.3749-3.4360.32132190.28583773X-RAY DIFFRACTION96
3.436-3.50170.30581950.25883781X-RAY DIFFRACTION96
3.5017-3.57280.28332020.23593823X-RAY DIFFRACTION96
3.5728-3.65010.24332300.20763809X-RAY DIFFRACTION97
3.6501-3.73440.22941920.20433858X-RAY DIFFRACTION98
3.7344-3.82720.23982220.18933872X-RAY DIFFRACTION98
3.8272-3.92990.22131740.17973934X-RAY DIFFRACTION98
3.9299-4.04460.22781810.16553909X-RAY DIFFRACTION98
4.0446-4.1740.18581920.15583919X-RAY DIFFRACTION98
4.174-4.32180.17752280.14543917X-RAY DIFFRACTION99
4.3218-4.49290.17342090.13543962X-RAY DIFFRACTION99
4.4929-4.69490.16981980.13443975X-RAY DIFFRACTION99
4.6949-4.93890.17282070.13583959X-RAY DIFFRACTION99
4.9389-5.2430.1982320.15133977X-RAY DIFFRACTION99
5.243-5.63940.20472060.16364013X-RAY DIFFRACTION100
5.6394-6.19150.24272200.19254029X-RAY DIFFRACTION100
6.1915-7.05270.24782040.18694101X-RAY DIFFRACTION100
7.0527-8.75910.2032160.16394113X-RAY DIFFRACTION100
8.7591-19.97190.18542360.15974288X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97670.05980.06781.1521-0.29411.7004-0.013-0.13280.27460.0935-0.05030.1402-0.4175-0.08420.07130.60870.0519-0.02250.4123-0.04750.5003199.098347.435419.3465
21.3398-0.2372-0.34112.78920.55861.14550.00750.03590.50730.0618-0.0110.4717-1.0211-0.6752-0.01381.23610.3017-0.03860.7628-0.13481.008185.809174.701918.2585
32.86561.14520.75812.48510.32631.81930.0265-0.27650.39290.3621-0.02960.2389-1.0596-0.02520.04031.63690.16330.04650.6829-0.17210.9464197.695277.759426.6631
40.6287-0.8283-0.30022.73110.15740.78260.21930.25650.3116-0.814-0.0944-0.262-0.1222-0.1297-0.12421.34250.2772-0.12570.93960.18780.9883193.194181.5599-44.0939
50.80780.25810.18960.7123-0.22191.0344-0.00320.1930.1608-0.2431-0.0718-0.0222-0.21220.23920.08150.80180.0962-0.01650.57240.03970.5311216.727745.9605-11.8843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 579 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 580 through 684 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'b' and (resid 1 through 654 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 718 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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