PDB-5l8f: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 mutant E32A,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l8f

タイトル

Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 mutant E32A, E62A, H65A.

要素

Rru_A0973

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferritin / iron oxidation / ferroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.247 Å

データ登録者

He, D. / Hughes, S. / Vanden-Hehir, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.

資金援助

中国,

英国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 mutant E32A, E62A, H65A.
著者: He, D. / Hughes, S. / Vanden-Hehir, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2016年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l8f.cif.gz	346.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l8f.ent.gz	285.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5da5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l89-1 6suw-2 5l8b-1 5l8g-3 5l8g-1 5da5-2 5l89-3 5l8b-4 5l8b-3 5l8g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rru_A0973

B: Rru_A0973

C: Rru_A0973

D: Rru_A0973

E: Rru_A0973

F: Rru_A0973

G: Rru_A0973

H: Rru_A0973

I: Rru_A0973

J: Rru_A0973

ヘテロ分子

132 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.096, 92.096, 217.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Rru_A0973 分子量: 13164.532 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 遺伝子: Rru_A0973 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RVS1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1-2 ul protein mixed with 1 ul well solution over 1 ml well solution. 20% PEG3350 + 0.2 M Magnesium formate PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.247→48.41 Å / Num. obs: 89902 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1122 / R_sym value: 0.1232 / Net I/σ(I): 11.79
反射シェル	解像度: 2.247→2.33 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.865 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
Aimless		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DA5

5da5

解像度: 2.247→48.408 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	4298	5.13 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1822	83820	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.247→48.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7269	0	20	272	7561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	10113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.868	4488
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2469-2.2724	0.3906	129	0.3318	2495	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2724-2.2991	0.3458	146	0.2869	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2991-2.3272	0.2976	152	0.2575	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3272-2.3566	0.2955	140	0.2487	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3566-2.3876	0.3026	149	0.2371	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3876-2.4203	0.3045	155	0.2385	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4203-2.4549	0.3143	136	0.2358	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4549-2.4916	0.2661	161	0.2244	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4916-2.5305	0.3215	123	0.2209	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5305-2.572	0.2954	162	0.2108	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.572-2.6163	0.26	149	0.2082	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6163-2.6639	0.303	120	0.2004	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6639-2.7151	0.3123	144	0.2049	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7151-2.7705	0.2856	141	0.2086	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7705-2.8308	0.2966	145	0.1978	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8308-2.8966	0.217	145	0.1818	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8966-2.9691	0.3012	137	0.1843	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9691-3.0493	0.2691	135	0.1856	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0493-3.139	0.2477	131	0.1767	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.139-3.2403	0.2391	126	0.188	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2403-3.3561	0.286	143	0.1775	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3561-3.4905	0.2504	157	0.1667	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4905-3.6493	0.208	154	0.1464	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6493-3.8416	0.1972	149	0.1401	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8416-4.0822	0.1955	153	0.1371	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0822-4.3971	0.1842	123	0.1343	2538	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3971-4.8393	0.1722	155	0.1394	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8393-5.5387	0.2149	136	0.1677	2617	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5387-6.9748	0.2535	155	0.1853	2614	X-RAY DIFFRACTION	97
6.9748-48.4191	0.1984	147	0.1698	2534	X-RAY DIFFRACTION	95

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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