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万見
- PDB-5l3n: D11 bound [N29, S39_PQ]-IGF-II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l3n
タイトルD11 bound [N29, S39_PQ]-IGF-II
要素Insulin-like growth factor II
キーワードCELL CYCLE / IGF-II
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast cell proliferation / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / embryonic placenta morphogenesis / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / genomic imprinting / positive regulation of organ growth / exocrine pancreas development ...spongiotrophoblast cell proliferation / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / embryonic placenta morphogenesis / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / genomic imprinting / positive regulation of organ growth / exocrine pancreas development / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of cell division / positive regulation of glycogen biosynthetic process / embryonic placenta development / SHC-related events triggered by IGF1R / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / striated muscle cell differentiation / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of mitotic nuclear division / protein serine/threonine kinase activator activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / animal organ morphogenesis / insulin receptor binding / growth factor activity / hormone activity / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / glucose metabolic process / integrin binding / Platelet degranulation / insulin receptor signaling pathway / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. ...Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor II
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hexnerova, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Probing Receptor Specificity by Sampling the Conformational Space of the Insulin-like Growth Factor II C-domain.
著者: Hexnerova, R. / Krizkova, K. / Fabry, M. / Sieglova, I. / Kedrova, K. / Collinsova, M. / Ullrichova, P. / Srb, P. / Williams, C. / Crump, M.P. / Tosner, Z. / Jiracek, J. / Veverka, V. / Zakova, L.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7371
ポリマ－7,7371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor II / IGF-II / Somatomedin-A / T3M-11-derived growth factor


分子量: 7736.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2, PP1446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01344

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic23D 1H-15N NOESY
181isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 20 mM d4 acetic acid, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 20 mM / 構成要素: acetic acid / Isotopic labeling: d4
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 4.2 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAHoegenauer, Koraimann, Kungl, Vriend精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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