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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l2g | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of a DNA Dodecamer with 5-methylcytosine at the 9th Position | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Drew-Dickerson / non-canonical / modified DNA / methylated DNA / epigenetics / CpG site | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Miears, H.L. / Hoppins, J.J. / Gruber, D.R. / Kasymov, R.D. / Johnson, E.C. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics and enzymatic demethylation. 著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E. ...著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E.C. / Okon, M. / Bagryanskaya, E.G. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 329 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5l06C ![]() 5trnC ![]() 5uz1C ![]() 5uz2C ![]() 5uz3C ![]() 6alsC ![]() 6altC ![]() 6aluC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 50 mM sodium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM EDTA, 1 mM DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(DMC)P*GP*CP*G)-3'), 100% D2O Label: 5metC9 / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 18 / 登録したコンフォーマーの数: 9 |