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- PDB-5l0o: IQGAP1 calponin homology domain fragment (CHDF) mutant K161C unde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l0o
タイトルIQGAP1 calponin homology domain fragment (CHDF) mutant K161C under oxidizing conditions
要素Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Calponin homology / disulfide-bonded dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / fibroblast migration / MAP-kinase scaffold activity / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension ...negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / fibroblast migration / MAP-kinase scaffold activity / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / lateral plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of protein kinase activity / RHO GTPases activate IQGAPs / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ruffle / regulation of cytokine production / regulation of mitotic cell cycle / RAC1 GTPase cycle / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine kinase activator activity / GTPase activator activity / secretory granule membrane / actin filament / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / small GTPase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / actin filament binding / cell migration / cell cortex / midbody / growth cone / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / microtubule / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / calmodulin binding / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / neuron projection / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 ...RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / IQ calmodulin-binding motif / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Rho GTPase activation protein / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / IQ motif profile. / WW/rsp5/WWP domain signature. / IQ motif, EF-hand binding site / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Liu, J. / Worthylake, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM084072 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: The IQGAP1 N-Terminus Forms Dimers, and the Dimer Interface Is Required for Binding F-Actin and Calcium-Bound Calmodulin.
著者: Liu, J. / Kurella, V.B. / LeCour, L. / Vanagunas, T. / Worthylake, D.K.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
C: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
D: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4464
ポリマ－89,4464
非ポリマー00
水00
1
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7232
ポリマ－44,7232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
2
C: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
D: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7232
ポリマ－44,7232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.752, 72.464, 73.272
Angle α, β, γ (deg.)77.15, 72.07, 86.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Dimer according to gel filtration, mutagenesis, shape complementary analysis

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要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1 / p195


分子量: 22361.402 Da / 分子数: 4 / 変異: K161C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQGAP1, KIAA0051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): in Rosetta Gami 2(DE3) pLysS cells (EMD4Biosciences)
参照: UniProt: P46940

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 3350, 10% ethylene glycol, 10% glucose, 100mM -160mM potassium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→68.06 Å / Num. obs: 41528 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.0847 / Net I/σ(I): 25.57
反射 シェル解像度: 2.36→2.46 Å / 冗長度: 1.79 % / Rmerge(I) obs: 0.3504 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SAINTデータ削減
XPREPデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I6X

3i6x


解像度: 2.36→15 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2056 4.9 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.262 38960 97.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5436 0 0 0 5436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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