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万見
- PDB-5l0m: hLRH-1 DNA Binding Domain - 12bp Oct4 promoter complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l0m
タイトルhLRH-1 DNA Binding Domain - 12bp Oct4 promoter complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*G)-3')
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTranscription/dna / LRH-1 / Nuclear Receptor / OCT4 / DBD / Transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / homeostatic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway ...Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / homeostatic process / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / SUMOylation of intracellular receptors / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Tuntland, M.L. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)4R01DK095750-05 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: A Structural Investigation into Oct4 Regulation by Orphan Nuclear Receptors, Germ Cell Nuclear Factor (GCNF), and Liver Receptor Homolog-1 (LRH-1).
著者: Weikum, E.R. / Tuntland, M.L. / Murphy, M.N. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7016
ポリマ－20,4783
非ポリマー2233
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.931, 40.931, 105.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 13152.337 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 79-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / プラスミド: pMALCH10T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: O00482

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CB

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3598.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*G)-3')


分子量: 3727.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 8862 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 24.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A66

2a66


解像度: 2.197→28.943 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 869 9.89 %
Rwork0.1535 --
obs0.158 8789 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→28.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数778 486 8 50 1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6511891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.204552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1966-2.33420.25471450.20421296X-RAY DIFFRACTION98
2.3342-2.51430.21891460.18861327X-RAY DIFFRACTION100
2.5143-2.76720.25741390.18021333X-RAY DIFFRACTION100
2.7672-3.16720.22481420.17631326X-RAY DIFFRACTION100
3.1672-3.98860.19861450.14281301X-RAY DIFFRACTION99
3.9886-28.94510.16961520.13841337X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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